Feature MapとReference Mapのゲノム間で相同性検索を実行しましたが、ヒットされるSubjectの件数が1件しか保存されません。これを変える方法を教えて下さい。

Homology Search実行時の確認（Confirm）Messageダイアログ上のParameter ボタンで変更します。
Confirm Message DialogにはParameterボタンがあり、そのボタンをクリックすると、変更可能なパラメータが表示されます。この中で、
Result SettingのMaximum Number of Hitsを1以外の適当な数に変更してから、相同検索を実行します。