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Export Feature機能を使って、CSVファイルを書く出す際に、[/blast=]項目を消す用法がありますか? 14 years 1 month ago #373

  • LongZhu
  • LongZhu's Avatar Topic Author
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Export Feature機能を使って、CSVファイルを書く出す際に、[/blast=]項目を消す用法がありますか?
imc_geで自動アノテーションを行なった後、書き出したフィルに、[/blast=]の内容が多すぎて、困っています。[/blast=]項目を消す用法を教えてくれませんか。
宜しくお願いします。

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Screening = Feature/Qualifier Filtering機能を使用します 14 years 1 month ago #374

  • akr-sp-1212728882
  • akr-sp-1212728882's Avatar
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まず、Screening機能(Feature/Qualifier Filtering機能)を使用します。この機能を使用すると、任意のQualifierをすべて取り除いたGenBank/EMBL形式ファイルを作成できます。/blast=をすべてファイルから削除する場合は、/blast= Qualifierを指定して、この機能を実行します。
こうして、blast qualifierを取り除き、再度このファイルをロードしてから、CSVファイル出力を行います。

操作手順:
  1. メニューからOption Setting --> Option Setting --> Screeningタブパネルを開きます。
  2. このパネルは、上段がFeatureのフィルタリング用、下段がQualifierのフィルタリング用となっています。
  3. 下段の「Check Qualifier(s) to be excluded from the output file」欄の「blast」欄にチェックします。
  4. 同時に複数種類のQualifierを指定することも可能です。
  5. Applyボタンをクリックします。
  6. /blast=を取り除くファイルをフィーチャーマップにロードします。
  7. メニューからFile --> Save as...を選択します。
  8. 別名で保存するためのダイアログが表示されます。
  9. Screen Qualifier(s)のチェックボックスにチェックします。
  10. 保存するディレクトリとファイル名を指定して、Saveボタンをクリックします。
  11. こうして保存されるファイルからは/blast=というQualifierがすべて削除されています。
  12. このファイルを再度ロードします。
  13. CSVファイル出力します。
注意事項:
Screeningを設定し、通常のファイル上書き機能を使用しても、この機能は有効となりません。ファイルを別名で保存する場合にのみ有効となります。これは、誤って必要なFeatureやQualifierを削除してしまうことを防ぐためです。

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Last edit: by akr-sp-1212728882.

Re: Screening = Feature/Qualifier Filtering機能を使用します 14 years 1 month ago #376

  • LongZhu
  • LongZhu's Avatar Topic Author
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akr様、
ご丁寧な説明を頂き、ありがとうございました。
今後とも何卒宜しくお願い申し上げます。
サイ。

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