ドングル版を用い現在はwindowsで使用しています。
先のトピックへの回答により、窓を表示することはできましたが、
2種のゲノムの塩基配列レベルでの相同領域の一部しか表示されていないようです。
すべてを表示させるにはどうしたらよいでしょうか？
また表示させる相同性のレベルはどこで設定したらよいですか？

相同性検索にBlastNの塩基配列同士の比較を使用しているため、アミノ酸の相同性に比較して近縁種の距離がかなり近くないとゲノム全域では一致しません。試しに、同一のゲノムを比較すると全域で並びます。
相同性のレベルは、実行前のLocal Genome Rearrangement Mapダイアログの下部にあるParameterボタンをクリックして、Blastのパラメータ設定を変更してから、実行します。
まだ、ベータ版であるため、実行パラメータの最適化ができていません。
（ご注意：アミノ酸配列の位置がずれるバグがまだ残っています）

塩基配列で100%一致している場合でも、表示されていないものがたくさんあるのですが
原因がわかれば教えてください。
また、よく似た二つのゲノムを比較して、どこが同じでどこがどのように違うのかをみたい（可視化したい）のですが
、他にやり方があれば教えてください。

このリンクをご覧ください。
最初は、4Kbp位のベクター配列でpColdIV.gbkとその複製です。
次は、枯草菌全体とその複製の比較です。

この場合の相同性検索にblastpを使用することはできませんか？

コーディング領域だけでなく、遺伝子間の制御領域も比較するため、現在のLGRM機能では核酸のみBlastNの比較にしています。しかし、コーディング領域上では、アミノ酸配列の比較の方が相同性検出力が高いので、アミノ酸配列の比較の方が有効です。
一方、グローバルゲノムリアレンジメントマップでは、アミノ酸同士の比較ができるのですが、塩基配列の局所的なアラインメントを表示していません。
これら２種類のゲノムリアレンジメントマップを組み合わせて、どうにかできないかを検討してみます。