あるリファレンスゲノムのCDSに対して、自分が決定した配列の個々のCDSがどれくらい
アミノ酸レベルで相同性があるかみるにはどうすればよいですか？

１つは、バッチホモロジー検索を利用する方法です。IMCGE以上で実行可能です。

1. 近縁種のゲノムを参照ゲノムマップに読込みます。
2. 現在決定しているゲノムをメインフィーチャーマップに読込みます。
3. メニューからGenome Analysis --> Bat Homology Searchを選択します。
4. Batch Homology Searchのダイアログで、参照ゲノムのTYPEがAA-REFとなっているデータベースを選択します。複数の参照ゲノムがある場合は、全部選択してもよいです。
5. Setボタンをクリックします。
6. ゲノムが大きい場合は、処理時間がかかります。
7. 処理が完了したら、メニューからView --> Show with Blast Colorを選択します。

これで、現在決定中のゲノムの各CDSがBlastのスコアによりカラー分類されます。
２つめは、グローバルゲノムリアレンジメントマップを使用する方法です。IMCGE以上で実行可能です。

1. １つの方法と同様に、参照ゲノムに近縁種ゲノムを読み込みます。
2. メインフィーチャーマップに、現在決定中のゲノムを読み込みます。
3. メニューからGenome Analysis --> GenomeRearrangementMapを選択します。
4. アミノ酸を選択します。
5. Setボタンをクリックします。

処理が終了すると、２つのゲノムの各CDS間で一番相同性のあるもの同士が直線で結合され、その直線のカラーが相同性スコアを示します。