ORF Extraction...
とすると、start codonから始まらないORFを多数検出するのですが、バグでしょうか？
それともsettingがあるのでしょうか？

IMCのORF Extraction機能は、ORFのPrediction機能ではなく、原核ORFの候補をゲノム塩基配列からExtractする機能です。スタートコドンに関ししては、最上流にあるスタートコドン候補という位置づけです。
ORFのPrediction機能は、MetaGeneAnnotatorを使用します。MetaGeneAnnotatorは、MacおよびLinuxで動作しますので、WindowsからはISB Annotation Server経由で利用することになります。MetaGeneAnnotatorはIMCにバンドルしていないため、以下からダウンロードし、ローカルマシンにインストールします。
whale.bio.titech.ac.jp/metagene/download_mga.html
その後で、IMCの設定でExternal Serverオプション設定します。サーバ名をlocalhostにすれば、ローカルMac上でも動作します。