Sequence Laneに、initiation codon（赤）やstop codon（青）の位置を表示することができますが、前者はGTG、ATAなども表示されて、真核生物のATGだけにする方法が見つけられないでいます。過去ログも検索したのですが見つけることができませんでした。すみませんが、教えていただけないでしょうか。

この機能は原核生物用に開発されたため、GTG, CTGなども同時に表示されるようになっています。
ATGだけの表示にしても問題がないか検討した上で、対処いたします。

――上記を取り消しますーー

失礼しました。上記の返信を取り消します。
Feature SettingsメニューのFeature SettingサブメニューStart Codonのチェックボックスによる選択で、ATGだけチェックすればATGだけ表示されます。