Ｑ-RT PCR用のプライマーをデザインすべく、「ゲノムを対象とするＰＣＲプラ
イマーデザイン」で目的遺伝子の一部をピンクに反転させ、ゲノムに対して１５０ｂ
ｐ程度のＰＣＲ断片で１８－３０ｂｐ程度のプライマーデザインを実行しています。
５－６時間程度計算をしているようですが、最終的にプライマーはデザインできない
との結果となります。検索条件レベルを下げてみてもプライマーがデザインできませ
ん。10回程度検索をしていますが、どこに問題があるのでしょうか？

2010/10/19 「T大学Ｙさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

IMCには、3種類のPCR Primer設計機能があります。

1. 領域を指定（ピンク色にドラッグして）して増幅するPrimer設計。1か所増幅。
2. あるフィーチャーキー（たとえば、ゲノム上の全CDS）を全部一括して増幅するPrimer設計。多数箇所増幅。
3. あるゲノムを指定した大きさの重なりあるPCR産物で完全にカバーするためのPrimer設計。多数箇所を増幅。

３が今回ご使用されたPrimer設計ツールですが、今回の目的には合わないと思います。

１．を使われるとよいと思います。

操作方法は
１．増幅したい中心領域（150bp程度）をマウスでドラッグして、ピンクに反転させます。
２．そのピンクの領域上でマウス右ボタンをクリックします。
　　　するとメニューが表示されます。
　　　上から2番目のメニューが、「PCR Primer Design」ですが、これを選択します。
３．例のパラメータが表示されます。
　　　Primer Search Rangeだけ100から300程度にセットして、Find Primer Pairをクリックします。
　　　1分以内に結果が表示されます。見つからない時は、上のパラメータの数字を次第に大きくします。

IMC Developer

解決しました。

2010/10/21「T大学Yさんからの連絡」代理投稿しました。-Forum Administraor-