IMCのオートアノテーションですが、Use External Server Comandの扱い方がわかりません。
また、Databaseについてはどこかに格納しておく必要がありますか？（拡張子は？）
Databaseとして例えばnrのデータベースも使用できますか？
また、自前でfasta形式で作ったデータベースも使うことはできますか？

よろしくお願いします。

オートアノテーションを現在IMCがインストールされているコンピュータ上で実行することができるのは、MacのみでWindowsの場合は外部のサーバを設定する必要があります。
このWindowsの場合について説明します。
外部サーバにあらかじめ必要なソフトウェアをインストールしておきます。このインストールにはlinuxのコマンドが必要です。
というのは、これらのソフトウェアはlinux上で動作し、linuxでインストールする必要があるからです。
インストール方法はそれぞれのソフトウェアによって異なります。
インストールして、IMCから起動できるソフトウェアは以下の通りです。

• MetaGeneAnnotator （原核生物ORF予測）
• AUGUSTUS （真核生物ORF予測）
• tRNAScan-SE （tRNA予測）
• RNAmmer （rRNA予測）
• blast

上記のソフトウェアはすべて
/optの直下にインストールします。
このサーバへのデータベースの登録は外部のIMCから指定します。DB Createメニューを使用します。
NRやFastA形式でもＯＫです。

外部のLinuxサーバを別途用意しないといけないということですね。macはunix上でOSが動いているため必要ないという理解でいいですか？
そうするとblustならIMCがインストールされているコンピュータ上で実行することはできないのでしょうか？

linuxのインストールされているコンピュータでネットワークで認識できれば何でもいいのでしょうか？計算速度はどちらのコンピュータに依存しますか（たぶんサーバ側でしょうが）？

技術的に何か一台のPCで使える方法はないのでしょうか？（エミュレータのようなものを使うとか）

よろしくお願いします。

Windowsからは外部のLinuxサーバが必要となります。
ご指摘の通りMac OSはLinux上にありますからLinuxのソフトウェアをインストールでき、同じMac OSからローカルのLinuxサーバとしてそれらのソフトウェアを起動することができます。この場合は、内部Linux Serverと呼ぶべきような形態です。

Linuxの外部サーバで必要なソフトウェアをインストールでき、ネットワークでアクセスできればなんでも構いません。使用していないPCにLinuxをインストールすることも可能です。
しかし、これらのインストールはLinuxを使用していない方には面倒かもしれません。処理速度があまり必要なければMac Miniが安いのでそれにインストールする方が簡単です。
計算速度は外部サーバの性能に依存します。

WindowsでLinux系のソフトウェアを動かすにはCygwinをインストールします。Cygwinの配下で上記のソフトウェア群が動作します。
Auto Annotationの実行には、上記ソフトウェアのインストールおよびSSHアクセスの設定が必要となりますが、これで実際に動作するかどうかはまだ確認していません。

是非Cygwinで試して頂けないでしょうか？
処理速度を考えても、もう一台用意するというのはかなりハードルが高いです。

新たにゲノムシークエンスした生データ解析からRNA seqの表示まですべてIMC一つでできるとなるとかなりの売りになるのではないでしょうか？

Windows PCにインストールされたGenomeTraveler(GT)から同一PC上のCygwin環境にインストールされたLinuxソフトウェアであるVelvetを起動する機能は実装されています。
同様に、IMCのAuto Annotationの場合は、SSHによる仮想サーバへリモートログインから実行されるので、少し方式が違いますが、実装可能と考えています。