できればお時間のあるときにCygwinのインストールから方法を教えていただけませんでしょうか（簡単にでいいと思います）？
個人的にはSSHアクセスの設定がハードルになりそうなのですが、一般的にはCygwinインストールからいろいろとトラブルがある気もします。

よろしくお願いします。

近日中に、Cygwinのインストールから各種解析ソフトウェアのインストールおよび、関連する技術について説明する記事を弊社ホームページのしかるべき場所にアップします。

返信がおそくなってしまってすいません。

アップされた際には教えていただけるとうれしいです。
よろしくお願いいたします。

Windowsローカル上のCygWinにインストールされたAnnotation Serverを作動する機能がIMC Version 5.2.3にて実装されましたが、当初予定の実装方法と異なる方法で実装されたため、これについての説明のアップはもう少々お待ちください。