IMC O10A 遺伝子クラスターアラインメントの実行と操作

準備

比較したい 近縁種ゲノム塩基配列（CDS が アノテーション されている必要があります）を カレントレファレンスディレクトリー にロードします。

カレントメインディレクトリー にそのうち1ゲノムをロードしておきます。

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カテゴリー: IMC O10 遺伝子クラスターアラインメント

こちらも利用可能:

最終更新日:2024年11月03日

参照数: 8704

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IMC A0D ワークベンチの構成（OMICSモード）

IMCのワークベンチは以下の要素から構成されます。 （OMICS版モードの場合） ヘッダー領域 メニューバー 上部ツールボックス*+ 上部インディケーター領域 メインディレクトリーツリー* 選択中フィーチャー情報 ローカルパスウェイビルダー（LpB)* ゲノムスケールモデルリスト（GSM)* GroupList(Group) 左側面ツールボックス+ 右側面ツールボックス+ デザインマップ(DM) Reaction List (Rxns)* Metabolite List（Mets)* Gene List（Genes)* Extendable Metabolite List(ExM)* Extemdable Reaction List(ExR)* 下部ツールボックス+ 下部インディケーター領域 *印の要素は、ワークベンチウィンドウからのドックアウト（取り外し）、ドックイン（組み入れ）が可能です。 +印の要素は、非表示にすることが可能です。

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カテゴリー: IMC Premium OMICS Edition

最終更新日:2024年10月05日

参照数: 836

IMC A0B: IMC Workbench の構造が変更されました

• IMC Version 8.1xx から Main Window の構造が変更されました。
  • IMC Version 8.104 一部ユーザーに先行リリース
  • IMC Version 8.106~ 全ユーザーにリリース

• MenuBar Main Menu:
  
  • FILE:
  • EDIT:
  • SEARCH:
  • CLONING:
  • SEQUENCING:
  • ANALYSIS:
  • ANNOTATION:
  • DESIGN:
  • ARRAY:
  • METABOLIC STREAM:
  • WINDOW:
  • TOOLS:
  • VIEW:
  • SETTINGS:
  • INFO:
  • HELP:

ToolBox: ToolBox は4か所に 分散配置されました。目玉アイコンをクリックすると全非表示できます。

• TopToolBox: Main Menu の下、Main Feature Mapの上、Top Indicator Area の右側
• LeftToolBox: Main Window の左側
• RightToolBox: Main Window の右側
• BottomToolBox: Bottom Indicator Area の右側

Main Panels は従来４つに分割されていましたが、10個に分割されました。

これらのパネルは任意の場所に再配置、あるいは　Window 外部に独立に取り出すことができます。

• パネル上段左から右へ
  
  • P11: Tab MT: Main Genome Directory Tree: Main Feature Map　にロードするゲノム配列のDirectory Tree を表示
  • P12: Tab MSG: Selected Feature of Main Genome Map
  • P13:
    • Tab MFM: Main Feature Map
    • Tab LMS: Local Pathway Builder
  • P14: Tab RE: Restriction Enzyme List
• パネル中段左から右へ
  
  • P21:
    • Tab GSM: Genome Scale (Metabolic) Model List
    • Tab Lig: Ligation List
  • P22: Tab DM: Genome Design Map
• パネルg下段左から右へ
  
  • P31: Tab RT: Reference Genome Directory Tree: Reference Feature Map にロードするゲノム配列の Directory Tree を表示
  • P32:
    • Tab EM：　Extendable Metabolites List
    • Tab RSF: Selected Feature of Reference Genome Map
    • Tab FTK: Not Used
  • P33: Tab RFM: Reference Feature Map
    • Tab CO: Composition List
    • Tab AN: Annotation List
    • Tab Pri: Primer List
    • Tab Rxn: Rxns(Reactions) List
    • Tab Mets: Mets(Metabolites or Species) List
  • P34: Tab ER: Extendable Rxns(Reaction) List
    • Tab GEN: Gene List Panel
    • Tab RES: Recognition Site List

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カテゴリー: IMC A0 ワークベンチの構成

最終更新日:2024年10月05日

参照数: 877

IMC N02 ローカルパスウェイビルダーの概要

この操作の前に、「Set Pathway Draw Data」を実行してください。IMC起動後一度だけ実行します。

ローカルパスウェイビルダーで使用するペイン

Upper3 Tab2: 上段3列目：LPB:　LocalPathwayBuilder タブペイン

• 代謝パスウェイ描画領域です。ここに 代謝パスウェイ が描画されます。
• この タブペイン は取り外し可能で、かつリサイズできます。

Center1 Tab1: 中段1列目：GSM: GenomeScaleModel　タブペイン

Lower2 Tab1: 下段2列目：ExM: ExtendableMetabolites　タブペイン

• 現在描画されている代謝パスウェイから１反応で到達できるメタボライトのリストを表示する　タブペインです。

Lower3 Tab5:下段3列目：Rxn: Rxns List タブペイン

• CurrentGenomeScaleModel の ReactionList を表示する タブペイン です。
• 各カラムでソートできます。

Lower3 Tab6: 下段3列目：Mets: SpeciesList タブペイン

• CurrentGenomeScaleModel　の　Metabolte(Species) List を表示する　タブペイン　です。

Lower4 Tab1: 下段4列目：ExR: ExtendableRxns タブペイン

• LocalpathwayBuilder のキャンバスに伸長可能なReactionを追加する タブペインです。

操作方法のあらすじ

1. メニューから METABOLOME > Load GenomeScaleModel をクリックします。
2. Load SBML ファイル選択ダイアログが表示されるので、ゲノムスケールモデル（SBMLフォーマット）を選択します。
   • 注：現在使用できるゲノムスケールモデルは、BiGG モデルです。
3. ロードが完了すると、P33: 下段３列目の Rxns List タブペインにその情報がリスト表示されます。
4. 1反応の描画
5. Lower3: RxnsList タブペインから最初に描画したい反応を選択し、クリックします。
6. Upper3: LocalPathwayBuilder タブペインにその反応が描画されます。
7. 現在描画されている反応の代謝物から続く反応を追加
8. Lower2: ExM : ExtendableMetsList タブペイン に表示されている代謝物を1個クリックすると、その代謝物が仲介する反応を Lower4: ExR: ExtendableRxnsList タブペインに表示します。
9. Lower4 : ExtendableRxnsList の反応を1個クリックするとその反応が Upper3: LocalPathwayBuilderに追加されます。

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カテゴリー: IMC N 代謝解析

こちらも利用可能:

最終更新日:2024年10月05日

参照数: 2080

IMC Y46002 チェックボックスによる行選択機能

現象：
Enzyme List Dialogなどチェックボックスによる行選択機能を持つ各テーブルにおいて、チェックボックスをクリックしてもチェックできない。

原因：
IMC Version 8.104において、行選択方法をListSelection方式に変更したため。

対応：
IMC Version 8.111において、従来のチェックボックスを使用する行選択方法に戻しました。
ただし、一部の新規機能における行選択においてはチェックボックス選択方式を採用していません。

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カテゴリー: トラブル対応

こちらも利用可能:

最終更新日:2024年07月07日

参照数: 53365

YD0017 ドングル ( SHK ) のLEDは点灯しているがライセンスを認識しない

現象

• ドングル( SHK ) の LED が点灯しているが、ライセンス を認識せず 「ライセンス要求」ダイアログ が表示され、IMCが起動できない。

原因

• 最近の Java Version Up により、ライセンス認証 が正しく動作しなくなった可能性があります。

対処

• Java の Version を以前の Version に戻します。
• Java Versionを以前の Version に戻せない場合は、インシリコバイオロジー株式会社に連絡ください。臨時に 固定ライセンス を発行します。

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カテゴリー: 起動

こちらも利用可能:

最終更新日:2023年10月27日

参照数: 9128

macOS 10.14, 15用ドングルドライバーがリリースされました

MacOS10.14 Mojave およびmacOS10.15 Catalina用のドングルドライバーがリリースされました。

こちらからダウンロードできます。

上記のドングル（SHK）はMacOS 10 までサポートされています。

MacOS 11 Big Sur 以降は新ドングルをご利用ください。

MacOS 11 Big Sur, 12 Monterey, 13 Ventura には新ドングルLDKが対応し、すでにリリースされています。（交換サービス実施中）

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カテゴリー: 重要なお知らせ

こちらも利用可能:

最終更新日:2023年07月24日

参照数: 156988

新ドングルに必要なRTE: Runtime Environment

MacOSの場合

以下のどちからの操作を行います。

• Sentinel_Runtime.dmgを展開し、Sentinel_Runtime.pkgを実行します。
• あるいは、Sentinel_Runtime_installer_Scripts.dmgを展開し、

Windowsの場合

• HASPUserSetup.exe を実行します。（実行が不要な場合もあります）

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カテゴリー: ライセンス認証方式

最終更新日:2023年07月24日

参照数: 3137