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準備

比較したい 近縁種ゲノム塩基配列（CDS が アノテーション されている必要があります）を カレントレファレンスディレクトリー にロードします。

カレントメインディレクトリー にそのうち1ゲノムをロードしておきます。

操作

着目する遺伝子（CDS)を キーワード検索 などを使用して、メインフィーチャーマップ 上で同定しておきます。

ここでは キーワード検索 を行います。メニューから　Search -> Keyword Search…を選択します。

Keyword Search ダイアログ が表示されます。 

フィーチャーキー CDS にチェックし、Keyword(s) テキストフィールド に 検索用キーワード（ここではhisG)を入力します。

「Run」をクリックします。

Keyword Search Result ダイアログ が表示されます。

リストにチェックすると、その CDS が メインフィーチャーマップ の中央に表示されます。

検索された CDSフィーチャー 上でマウス右クリックします。

プルダウンメニュー が表示されます。

Show Homology -> Show Homology A.A.を選択します。

ホモロジー検索 が実行されます。

検索が完了すると Homology Search ヒットリストダイアログ が表示されます。

ダイアログ の各行をクリックします。

レファレンスフィーチャーマップ の各ゲノムが相同な CDS を中心に並びます。

レファレンスフィーチャーマップ の並んだ CDS の上でマウス右クリックします。

プルダウンメニュー が表示されます。

Gene Cluster Alignment… を選択します。

Gene Cluster Alignment Setting ダイアログが表示されます。

「Set」をクリックします。

実行確認メッセージ が表示されます。

「はい（Y)」をクリックします。

実行が開始され、実行中は 進捗メッセージ が表示されます。

実行が完了すると、Binary Best Hit (BBH)　List　ダイアログ が表示され、同時に レファレンスフィーチャーマップ の各近縁種ゲノム間に 相同性 を示す帯が表示されます。

この状態で、レファレンスフィーチャーマップ の ズームボタン や スクロールボタン を使用して、マップを操作します。

また、BBH List ダイアログ の各行をクリックすると、その行が示す相同性関係のCDSや結合帯がハイライトされます。

以下は、レファレンスフィーチャーマップ を ズームアウト した状態です。

以下は、BBHリスト の行をクリックしたところです。クリックした行に該当する箇所が ハイライト されます。

以下は、一番下のゲノムを横スクロールしたものです。