ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

インシリコバイオロジー株式会社 公式技術情報サイト

機能メニュー

IMC N02 ローカルパスウェイビルダーの概要

この操作の前に、「Set Pathway Draw Data」を実行してください。IMC起動後一度だけ実行します。

IMC8117 249 0168
ローカルパスウェイビルダーで使用するペイン

Upper3 Tab2: 上段3列目:LPB: LocalPathwayBuilder タブペイン

  • 代謝パスウェイ描画領域です。ここに 代謝パスウェイ が描画されます。
  • この タブペイン は取り外し可能で、かつリサイズできます。

Center1 Tab1: 中段1列目:GSM: GenomeScaleModel タブペイン

Lower2 Tab1: 下段2列目:ExM: ExtendableMetabolites タブペイン

  • 現在描画されている代謝パスウェイから1反応で到達できるメタボライトのリストを表示する タブペインです。

Lower3 Tab5:下段3列目:Rxn: Rxns List タブペイン

  • CurrentGenomeScaleModel の ReactionList を表示する タブペイン です。
  • 各カラムでソートできます。

Lower3 Tab6: 下段3列目:Mets: SpeciesList タブペイン

  • CurrentGenomeScaleModel の Metabolte(Species) List を表示する タブペイン です。

Lower4 Tab1: 下段4列目:ExR: ExtendableRxns タブペイン

  • LocalpathwayBuilder のキャンバスに伸長可能なReactionを追加する タブペインです。


操作方法のあらすじ

  1. メニューから METABOLOME > Load GenomeScaleModel をクリックします。
  2. Load SBML ファイル選択ダイアログが表示されるので、ゲノムスケールモデル(SBMLフォーマット)を選択します。
    • 注:現在使用できるゲノムスケールモデルは、BiGG モデルです。
  3. ロードが完了すると、P33: 下段3列目の Rxns List タブペインにその情報がリスト表示されます。
  4. 1反応の描画
  5. Lower3: RxnsList タブペインから最初に描画したい反応を選択し、クリックします。
  6. Upper3: LocalPathwayBuilder タブペインにその反応が描画されます。
  7. 現在描画されている反応の代謝物から続く反応を追加
  8. Lower2: ExM : ExtendableMetsList タブペイン に表示されている代謝物を1個クリックすると、その代謝物が仲介する反応を Lower4: ExR: ExtendableRxnsList タブペインに表示します。
  9. Lower4 : ExtendableRxnsList の反応を1個クリックするとその反応が Upper3: LocalPathwayBuilderに追加されます。

Site Seal