この操作の前に、「Set Pathway Draw Data」を実行してください。IMC起動後一度だけ実行します。

ローカルパスウェイビルダーで使用するペイン
- 代謝パスウェイ描画領域です。ここに 代謝パスウェイ が描画されます。
- この タブペイン は取り外し可能で、かつリサイズできます。
Center1 Tab1: 中段1列目:GSM: GenomeScaleModel タブペイン
Lower2 Tab1: 下段2列目:ExM: ExtendableMetabolites タブペイン
- 現在描画されている代謝パスウェイから1反応で到達できるメタボライトのリストを表示する タブペインです。
Lower3 Tab5:下段3列目:Rxn: Rxns List タブペイン
- CurrentGenomeScaleModel の ReactionList を表示する タブペイン です。
- 各カラムでソートできます。
Lower3 Tab6: 下段3列目:Mets: SpeciesList タブペイン
- CurrentGenomeScaleModel の Metabolte(Species) List を表示する タブペイン です。
Lower4 Tab1: 下段4列目:ExR: ExtendableRxns タブペイン
- LocalpathwayBuilder のキャンバスに伸長可能なReactionを追加する タブペインです。
操作方法のあらすじ
- メニューから METABOLOME > Load GenomeScaleModel をクリックします。
- Load SBML ファイル選択ダイアログが表示されるので、ゲノムスケールモデル(SBMLフォーマット)を選択します。
- 注:現在使用できるゲノムスケールモデルは、BiGG モデルです。
- ロードが完了すると、P33: 下段3列目の Rxns List タブペインにその情報がリスト表示されます。
- 1反応の描画
- Lower3: RxnsList タブペインから最初に描画したい反応を選択し、クリックします。
- Upper3: LocalPathwayBuilder タブペインにその反応が描画されます。
- 現在描画されている反応の代謝物から続く反応を追加
- Lower2: ExM : ExtendableMetsList タブペイン に表示されている代謝物を1個クリックすると、その代謝物が仲介する反応を Lower4: ExR: ExtendableRxnsList タブペインに表示します。
- Lower4 : ExtendableRxnsList の反応を1個クリックするとその反応が Upper3: LocalPathwayBuilderに追加されます。