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IMC F05 環状ゲノムマップビューアの機能

環状ゲノムマップCircular Genome Map)は、同心円上に単一ゲノム染色体あるいは近縁種同士の複数の ゲノム染色体 からの Feature や Content およびゲノム位置特異的な任意の 数値データ を比較描画する機能です。

それぞれの ゲノム染色体 の遺伝子等各Featureの分布状態や、塩基組成の変化などを表示することができます。

配置する Feature や Content の同心円の順序は任意に変更可能です。

描画パラメータの設定は同心円毎に変更可能です。

環状ゲノムマップの直径や印刷用パラメータの変更も可能です。

環状ゲノムマップ の印刷直接印刷以外に、PDF, PNG, EMFの各フォーマットでファイル出力可能です。 

  • 環状ゲノムマップ の同心円上に描画される多数のフィーチャーは注釈が存在すれば、その注釈の種類により異なるカラーでそれぞれを分類表示することができます。 
  • Circular Feature Lane 別の Feature 描画独立カラー設定が可能です。
  • Feature Key 別に異なるカラーで描画します。
  • Color Qualifier が設定されている場合に指定カラーで CDS Featureを描画します。
  • Classification コードに指定されたカラーでCDS Featureを描画します。
  • EC Nubmer に由来するカラーでCDS Featureを描画します。
  • Category コードに指定されたカラーで CDS Feature を描画します。
  • Blast のスコア範囲に指定されたカラーで CDS Feature を描画します。 

環状ゲノムマップに描画される配列ファイルは、メインカレントディレクトリー に表示されている順序で参照されます。

このため、異なる多数の 環状ゲノム配列 を同一形式で描画することが容易に操作可能です。

環状ゲノムマップ 上の一部をクリックすることにより、対応する メインフィーチャーマップ の領域を表示させることが可能となっています。

環状ゲノムマップ には、その中心に配列ファイル名と総塩基長(単一ゲノム染色体の時)が描画され、また周囲には塩基数目盛が表示されます。

目盛の開始位置塩基も変更可能です。 

マップレイアウトは、レイアウトスタイル として登録可能で、登録された 環状ゲノムレイアウトスタイル は後で呼びだすことができます。

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