塩基配列決定(シーケンシング)
NGSによる大規模シーケンシングと従来のキャピラリーシーケンサによるシーケンシングについての情報です。
NGSのデータ解析は、GenomeTravelerで実行できます。

サブカテゴリ
シーケンサからのリード配列を相同性を用いて互いに結合し、コンセンサス配列を生成します。
NGSからの大規模リードアセンブリとキャピラリーシーケンサからのアセンブリがあります。
NGSリードのアセンブリは、GenomeTravelerにおいて実行できます。
キャピラリーシーケンサからのリードアセンブリは、IMCのツールin silico Assemblerで実行可能です。
ナノポア関連のアセンブリはGenomeTravelerから起動できます。
次世代シーケンサー(NGS)からのリードをアセンブリする機能です。
VelvetとOASESを使用しています。
この機能は以下のエディションに実装されています。
GenomeTravler
Nanopore Seqeuncer からのRead をアセンブルします。
canu および miniasm を使用しています。
この機能は以下のエディションで実行できます。
GenomeTraveler
キャピラリーシーケンサーからのRead のアセンブリ機能です。
この機能は以下のエディションに実装されています。
IMCGE
, IMCAE
, IMCDS
, GenomeTraveler
シーケンサからのリードの品質管理をします。
精度のよくない領域のトリミングや、全体的に精度の低いリードの排除を行い、アセンブリの精度を高めます。
ゲノム塩基配列決定の最終フェーズであるフィニッシング機能を説明します。