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EST(cDNA)マッピングとは、EST(cDNA)塩基配列ファイルを、参照ゲノム塩基配列上にその相同性を利用してESTが由来するゲノム位置を同定し、その位置にEST(cDNA)フィーチャーを登録する機能です。

ESTライブラリーによっては、局所的に冗長度が高く、ゲノム上の同一部位に多数のESTフィーチャーがマッピングされる場合があります。

このような局所的に冗長度の高いESTマッピング結果をフィーチャーマップ上に描画するために、Pack Laneというフィーチャーレイアウト機能があります（詳細は、FLS:Feature Layout Style, Pack Laneを参照ください）。

ESTマッピングには、2種類あります。

• カレントメインフィーチャーマップに表示されている塩基配列上にマッピングする方法
• 複数のゲノム塩基配列を指定して、指定された複数の塩基配列ファイルにマッピングする方法

トレース波形マッピングは、キャピラリーシーケンサーからのトレース波形データを由来するゲノム塩基配列上にマッピングする機能です。

トレース波形ビューアを使用すると、アラインメントされたトレース波形を閲覧することができます。

gbSNPやjSNPの変異データを対応するゲノム塩基配列上にマッピングする機能です。

アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、新規フィーチャーとして登録します。

指定したアミノ酸配列（複数可能）を、現在フィーチャーマップとして表示されている参照ゲノム上にマッピングし、ヒットしたエントリーを新規フィーチャー（mRNAなど）として登録します。

マッピングには、tBlastNのアルゴリズムが使用されます。

マッピング結果は、3タイプに分類されます。

1. 入力アミノ酸が、完全に参照ゲノム塩基配列にマッチした場合
2. 入力アミノ酸が、不完全に参照ゲノム塩基配列にマッチした場合
3. 入力アミノ酸配列が、まったくマッチしない場合

前者2タイプの結果は、参照ゲノム上に新規フィーチャーとして登録することができます。たとえば、完全マッチ配列を、mRNAフィーチャーとして登録し、不完全マッチ配列は、miscRNAフィーチャーとして登録することができます。

新規登録されるフィーチャーの任意のQualifierに同一のValueを設定できます。また、Qualifier /locus_idに指定した接頭文字と、任意の桁数をもち、任意の数値から開始される連番を登録することができます。

イントロンをもつ真核生物の場合は、エクソン・イントロン領域を識別してマフィーチャー登録されます。

イントロンの最大塩基長を制限できます。

アレイ解析を実行する前に、対象ゲノム塩基配列に対して、タイリングアレイプローブをマッピングし、各プローブのゲノム上の位置と情報をフィーチャーとして登録しておく必要があります。

アレイの発現データは、プローブ毎に得られるため、発現ファイルをロードすると、個々の発現量情報は、各プローブのフィーチャー上に転記されます。

IMCでは、ゲノム配列上に同定された各CDSフィーチャーのBlast検索結果をそれぞれのフィーチャーのQualifierとして保存することができます。

外部のサーバなどでBlast検索した結果をBlast検索結果マッピング機能を使用して、カレントゲノム配列にマッピングすることにより、これらの相同性検索結果を各CDSフィーチャー上に書き込むことができます。

予めFeature Key Search結果をエキスポートし、それらをクエリー配列として使用することにより、Blast検索結果を正しくマッピングすることができます。