ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

GenomeTraveler（GT)を初めて利用する場合は以下をお読みください。

GTの最初の起動時には、サンプルデータが自動的にインストールされます。

このサンプルデータを使用して、操作の練習ができます。

サンプルデータが表示されない場合は、demo ディレクトリがを確認して、そのディレクトリをルートディレクトリに変更すると、表示されます。

サンプルデータには以下ものがあります。

BAM　ファイルインポート：

アセンブリ、マッピングに使用されるBAMファイルをインポートした結果が格納されています。BAMファイルの各フラグメントをAlignment Viewerで閲覧することができます。

マッピング　（LAST使用）：

レファレンスゲノムデータと、そのゲノム上にLASTを使用してNGSリードをマッピングした結果が格納されています。レファレンスゲノムデータをIMCを起動して閲覧・解析することや、マッピングの様子をAlignment Viewerを起動して、閲覧・解析することができます。同じNGSデータを用いて、新たにマッピングを実行することも可能です。

アセンブリ　（OASES使用）：

OASESを使用したNGSリードのアセンブリ結果のAFGファイルが格納されています。これをBAMファイルに変換して、Alignment Viewerを起動します。また、同じリード使用して新たにアセンブリを実行することも可能です。

マッピング　（SLIDESORT使用）：

レファレンスゲノムデータと、そのゲノム上にSLIDESORTを使用してマッピングした結果が格納されています。レファレンスゲノムデータをIMCを起動して閲覧・解析することや、マッピング結果はBAMファイルに変換して、Alignment Viewerで閲覧・解析することができます。同じNGSデータを用いて、新たにマッピングを実行することも可能です。

アセンブリ　（Velvet使用）：

Velvetアセンブラを使用してNGSリードのアセンブリ結果のAFGファイルが格納されています。れをBAMファイルに変換して、Alignment Viewerを起動します。また、同じリード使用して新たにアセンブリを実行することも可能です。