発現データ補正
発現プロファイルデータの補正を行う機能です。
データ補正機能には以下があります。
- MM Subtraction from PM: PM - MM処理
- Quality Trimming: データ品質によるカット
- Saturation Trimming: 飽和データ処理
- Global Rank Trimming: 全域順位トリミング
- Global Rate Trimming: 全域比率トリミング
- Base Window Rank Trimming: 塩基数ウィンドウ内順位トリミング
- Probe Window Rank Trimming: プローブ数ウィンドウ内順位トリミング
- Probe Window Rate Trimming:プローブ数ウィンドウ内比率トリミング
- Border Line Trimming: 発現強度による上下カット
- Base Window Rate Trimming: 塩基数ウィンドウ内比率トリミング
- R-I Conversion:R-I変換
- Level Conversion: 発現強度変換
- TrimmedMean: トリム平均値変換
- Trimmed Median: トリム中間値変換
これらのデータ補正は、複数の補正項目を自由な順序で実行するパイプライン処理を行います。
これらのデータ補正の適用状態は、
発現データファイル毎にリスト表示できます。
これらのデータ補正の結果の補正値の統計数を発現データファイル毎にリスト表示できます。
データ補正前と補正後の発現量の分布をグラフ表示することができます。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT