遺伝子・ゲノム配列解析
遺伝子やゲノムの塩基組成解析、コドン解析、ORF抽出、アミノ酸翻訳、アミノ酸プロファイル解析、モティーフ解析などの説明です。
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ゲノム塩基配列の塩基組成に関する解析を行います。
カレント配列ディレクトリーにロードされた配列ファイルに対してこの解析を実行できます。
Genome Analysis メニューのFeature Statistics機能は、現在ロードされている塩基配列ファイルのすべてのフィーチャーの塩基組成を出力します。
メインフィーチャーマップに表示できるコンテント・プロファイルレーンも塩基組成を表示する機能の一つです。
移動平均法による組成の変化をグラフで表示します。
コンテント・プロファイルレーンは環状ゲノムマップビューアにも実装されています。
「Cluster Design Checker」機能は、指定されたクラスターの塩基組成を評価し、予め設定された塩基組成の範囲にあるか否かをチェックします。
コーディング領域(CDS)のコドン組成、アミノ酸組成表を出力します。
カレント配列ディレクトリーにロードされた注釈付き配列ファイルに対してこの解析を実行できます。
Genome Analysis メニューにある「Show Codon Usage…」機能は、現在ロードされている配列中に同定されているすべてのCDSの個々のアミノ酸組成、コドン組成を出力するだけでなく、全CDSトータルのアミノ酸組成、コドン組成も出力できます。
Statistics機能でも、スタートコドンの種類をCDS別に出力します。
コドン置換機能「Change Codon」では、指定されたCodon Usageファイルに従って、コドンの組成を置換できます。
IMCでは、シンプルなORF候補抽出機能を提供しています。
カレント塩基配列の6個のフレーム上で、ストップコドンから次のストップコドンまでの領域で指定した塩基長以上を有するものを抽出します。
ORF候補は、CDSへ変換し、アミノ酸翻訳を行うことも可能です。
ORF候補領域が他のORF候補領域を包含する場合は、より塩基長の大きいのものを採用できます。
IMCでは、このほかに外部コマンドとして、Gene FindingプログラムであるAugustusおよびMetaGenomeAnnotatorを起動し、その結果を取り込むことができます。
また、Glimmerなどの遺伝子同定プログラムの出力結果をインポートして、カレント配列上にマッピングすることができます。
カレント塩基配列上のCDSフィーチャーの塩基配列をアミノ酸翻訳します。
カレント配列上の全CDS、選択された領域上のCDS,1個のCDSについて翻訳範囲を指定することができます。
各コドンは指定されたGenetic Tableに従って翻訳されます。
遺伝子のアミノ酸配列の二次構造をプロファイルとして表示する機能です。
アルファヘリックス、ベータシート、ターンなどの構造や、親水性指標、疎水性指標、表面性、チェーン柔軟性、などのプロファイルを並列に表示できます。
また、それらの指標を線形結合した総合指標を自由に作成することができます。
アミノ酸プロファイル解析のモティーフリストにモティーフが登録されている場合は、アミノ酸プロファイル表示ダイアログのアミノ酸配列上にモティーフの位置を表示できます。
アミノ酸モティーフ検索は、パターン検索機能から実行できます。