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アラインメントビューア（Alignment Viewer）は、GTの一次解析結果を表示し、二次解析などを実行するためのビューア・エディターです。

Alignment Viewerは、GTのメインウィンドウから起動することができます。

Alignment Viewerは、メニューバー、ツールボックス、および４つのペインから構成されています。

メニューバーはViewerウィンドウに固定されていますが、ツールボックスおよび４つのペインはウィンドウから取り外して、デスクトップ上の任意の位置に表示することができます。

ツールボックスは、非表示にもできます。

4種のペインは、上から、Navigation Pane, Feature Pane, Consensus Pane およびFragment Pane と呼んでいます。

Navigation Pane は、他の3つのペインのナビゲーションを行うための特殊なペインでゲノム全体にわたるスケールと選択された領域内のスケールの2段階のスケールを持っています。

Feature Pane は、IMCのメインフィーチャーマップに類似の機能をもち、IMCの多くの機能を実行することができます。

Consensus Pane は、Assembly 結果をコンティグとそれを構成するReadの配列アラインメントとして表示する機能や、Mapping 結果を参照ゲノム配列とReadの配列アラインメントとして表示する機能です。

Fragment Pane は、Consensus　Paneをグラフィカルに表示する機能で、より俯瞰的にアセンブリやマッピングの様子を閲覧できます。