この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
タイリングアレイプローブを自動設計します。
プローブ塩基長を指定できます。
各プローブの先頭塩基同士の距離(塩基数)を指定できます。
プローブを設計するストランドを指定できます(Forward Strand, Reverse Strand, Both)。rRNAなどの指定した注釈(フィーチャーキー)を避けて、プローブを設計できます。
プローブが設計された位置に何らかの注釈がある場合、その内容を取り込むことが可能です。
プローブ名に任意の頭文字(プレフィックス)および指定桁数の連番を指定可能です。
現在は3種のフォーマットで出力可能です。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
注釈付塩基配列ファイルにプローブを貼り付ける機能です。注釈付塩基配列ファイルにプローブを貼り付ける機能です。
プローブファイルを読込、カレントゲノム配列上の由来する位置にマッピングすることができます。
ゲノム上の位置情報が存在する場合は、各プローブの位置情報を基に対応するゲノム位置にプローブフィーチャーを貼り付けます。
位置情報が存在せず、プローブの塩基配列のみが与えられている場合は、プローブ塩基配列の相同性によりマッピングを行います。
現在マッピングできるプローブは以下のアレイメーカーのものです。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
タイリングアレイ発現データファイルやNGSのRNA-Seqファイルをインポートし、アレイ解析に使用できるようにします。
インポートできる発現データファイル数には制限がありませんが、一度の操作でインポートできるのは10ファイルまでです。
この機能を実行する前に、プローブマッピングを実行しておく必要があります。
ゲノム塩基配列ファイルをロードし、プローブファイルをマッピングし、発現データファイルをインポートする一連の処理をバッチ処理として登録し、バックグラウンドで実行できます。
プローブ毎の発現量は、メインフィーチャーマップのアレイプロファイルレーン上に棒グラフあるいは折れ線グラフで表示できます。
同時に表示するレーン数には制限がありませんが、レーン数を多くするとそれだけ多くメモリーを消費します。
発現プロファイルレーンはメインフィーチャーマップ上にいくつでも表示することができます。
また、その位置関係を上下に自由に移動できます。
クローニング操作により、発現プロファイルをもつゲノム配列が消化切断、増幅、ライゲーションなどされた場合は、その領域に属する発現プロファイルも継承されます。
この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています
IMCAE, IMCDS, GenomeTraveler
発現プロファイルレーン上では以下の操作を実行できます。
発現プロファイルデータの補正を行う機能です。
データ補正機能には以下があります。
これらのデータ補正は、複数の補正項目を自由な順序で実行するパイプライン処理を行います。
これらのデータ補正の適用状態は、
発現データファイル毎にリスト表示できます。
これらのデータ補正の結果の補正値の統計数を発現データファイル毎にリスト表示できます。
データ補正前と補正後の発現量の分布をグラフ表示することができます。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
タイリングアレイは、遺伝子より短いプローブで遺伝子上や遺伝子間にほぼ等間隔で複数個のプローブが設計されます。
また、計測される一次データは、各プローブ毎の発現量となります。
このため、1つの遺伝子上に着目すると、そこには複数のプローブと複数の発現量が得られます。
この機能は、遺伝子上に配置されたプローブの発現量を遺伝子の発現量に変換するものです。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
アレイ間の四則演算を実行し、その結果をプロファイルレーンに表示します。
最大3アレイ間の演算が可能です。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
発現プロファイルからピーク検出を実行します。
検出結果はピークリストダイアログにリスト表示されます。
リストはCSVファイルとしてファイル保存できます。
リストをクリックすると、メインフィーチャーマップがその位置を中央に表示するように自動スクロールします。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
任意のアレイ間の発現量の相関をプロットします。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
遺伝子発現量のクラスタリングを行います。
クラスタリングの結果は、デンドログラムおよびヒートマップとして表示できます。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT
現在インポートされている発現量データファイルに関して、フィーチャー別の発現量をリストアップします。
表示するフィーチャーは、選択できます(複数選択可能)。
リストは、カラム別に4つまでのソートキーでソートすることが可能です。
この機能は以下のエディションで実行できます。
AE, DS, GT