IMC N03 グループ（サブシステム・部分パスウェイ）エディター
Group とは？
- SBML Format の ゲノムスケールモデル では、Extension に groups があります。
- その要素 Group は ゲノムスケールモデル に登録されている Reaction をグループ化するためのものです。
- Group は SubSystem などとも呼ばれ、代謝パスウェイ 上の近傍に位置し、反応が連鎖する一群の Reaction の集団を示します。
- 既存のゲノムスケールモデルでは、Group が設定されているモデルは、iJO1366などごく少数です。
GroupEditor の役割
- このため、IMCには、各 Reaction を Group別に簡単に登録するための GroupEditor が用意されています。
- GroupEditor を使用して、独自の Group やそれに属する Reaction 群を編集することができます。
- Group の Reaction 集団の大きさを適切にとると、見やすい パスウェイ を描画できます。
GroupEditorの各部の名称と機能
SeedMetaboliteList(onGE)
- 初期状態では、Current GSMに登録されているすべてのMetabolite(Species)が表示されます。
- このリストから1つのMetaboliteを選択すると、それのMetaboliteが反応にふくまれるすべてのReactionがReactionList(onGE)に絞り込み表示されます。
ReactionList(onGE)
- Current GSM に登録されているReactionのリストです。
- 絞り込み操作により、表示されるReactionが変わります。
Group-AssignedReactionList(onGE)
- GroupList(onGE)から１つのGroupを選択するとそのGroupに属するReaction群を表示します。
GroupList(onGE)
- Current GSM に登録されているGroupのリストを表示します。