フィーチャーキーとフィーチャー
フィーチャーは、ゲノム配列上の生物学的特徴や化学的、構造的特徴です。
フィーチャーキーは、フィーチャーを分類するタイプを示します。フィーチャーキーやフィーチャーは、国際塩基配列データベースへの登録の際に厳格に定義されているものが多く、自由に変更できないものがほとんどです。
インシリコバイオロジー社のソフトウェアでは、フィーチャーキーやフィーチャーを拡張し、処理や表示の制御に使用しています。
サブカテゴリ
既定フィーチャーキー
フィーチャーキーの登録、編集、削除
テンプレート機能
フィーチャーキー検索
IMCが独自に設定しているフィーチャーキーがあります。
独自フィーチャーキーは、フィーチャーの描画や編集を制御するために存在しています。
独自フィーチャーキーを一括取り除く機能もあります。
Qualifierの種類と役割について説明します。
GenBank / EMBL / DDBJの国際塩基配列データベースの規約において、Qualifierの使用規則が定められていますが、IMCでは独自のQualifierをも追加して、有用な機能を実現しています。IMCが独自のQualfierを設定している理由は、GenBank / EMBL ファイルに直接制御データを記述し、利用者が配列ファイルの取り扱いが簡単になるためです。
上記規約で取り決められたQualifier
IMCが独自に追加したQualifier
/genomemap=
/new=
/update=
Featureの属性を示すQualifierの表示方法や編集方法に関する情報を提供しています。
以下はFeatureに記述されているQualfierの値の表示方法を2つを表しています。
ゲノム配列上におけるフィーチャーの位置にかんする説明。
個々のフィーチャーにリンクし、その可視化ツールを起動できるのは以下のものがあります。
- 分子立体構造ファイルとその可視化ツール、
- 文献ファイル(pdf)とPDF表示ツール
制限酵素やPCR増幅によるフィーチャーの断片化について説明します。
PCRやライゲーションによるフィーチャーの合成を説明します。
フィーチャーフュージョン機能は、2つの同一positionにある同一Feature Keyに属するフィーチャーを1つに融合する機能です。融合されるそれぞれのフィーチャーに記録されていたQualifierは融合されたフィーチャーのQualifierとしてどちら側のQualifierも同等に保持されます。
この機能により、同一のフィーチャーに対して別々に付けられた複数のアノテーションを簡単に1つにまとめることができます。
フィーチャー演算子は、同一Feature Keyに属する2つの互いにオーバーラップするフィーチャーの論理演算を行い、新たなフィーチャーを生成する機能です。
上図の上下矢印がオーバーラップするフィーチャーで、中央の分割された矢印が演算生成されたフィーチャーです。
フィーチャーの任意のQualifierに連番を付加します。
連番とするQualifierを選択することができます。
通常ユーザが独自のQualifierを登録することはできませんが、連番を付加する場合にのみ使用する独自新規Qualifierを作成することができます。
連番は、接頭詞+連続番号から構成され、連続番号はさらに開始番号と増分で生成されます。
連番の対象となるフィーチャーは、ゲノムの塩基位置の上流側に近いものから順に付加されます。
1種類のフィーチャーキーに属するフィーチャーだけでなく、複数のフィーチャーキーに属するフィーチャーを混在して連番付加できます。
検索結果などの絞り込んだ対象について連番を付加することもできます。
以下の検索機能で連番付加できます。
- Statistics
- Keyword Search
- Feature Key Search
フィーチャーやフィーチャー範囲の塩基配列やアミノ酸配列を選択してファイルとしてエキスポートすることができます。
Feature Export機能には、以下があります。
- Export Feature (CSV)…-> CSV形式でフィーチャーと配列をエキスポートします。
- Export Feature & Sequence (DDBJ)… DDBJ形式でフィーチャーと配列をエキスポートします。
- Export Feature (BED)… -> BED形式でフィーチャーをエキスポートします。
この他に、検索機能の結果をファイル出力する機能を使用すると、実質上、フィーチャーのエキスポートとなります。
- Feature Key Search 結果ダイアログからのエキスポート
- Keyword Search 結果ダイアログからのエキスポート
- Classification Search 結果ダイアログからのエキスポート