アミノ酸配列マッピング
アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、新規フィーチャーとして登録します。
指定したアミノ酸配列(複数可能)を、現在フィーチャーマップとして表示されている参照ゲノム上にマッピングし、ヒットしたエントリーを新規フィーチャー(mRNAなど)として登録します。
マッピングには、tBlastNのアルゴリズムが使用されます。
マッピング結果は、3タイプに分類されます。
- 入力アミノ酸が、完全に参照ゲノム塩基配列にマッチした場合
- 入力アミノ酸が、不完全に参照ゲノム塩基配列にマッチした場合
- 入力アミノ酸配列が、まったくマッチしない場合
前者2タイプの結果は、参照ゲノム上に新規フィーチャーとして登録することができます。たとえば、完全マッチ配列を、mRNAフィーチャーとして登録し、不完全マッチ配列は、miscRNAフィーチャーとして登録することができます。
新規登録されるフィーチャーの任意のQualifierに同一のValueを設定できます。また、Qualifier /locus_idに指定した接頭文字と、任意の桁数をもち、任意の数値から開始される連番を登録することができます。
イントロンをもつ真核生物の場合は、エクソン・イントロン領域を識別してマフィーチャー登録されます。
イントロンの最大塩基長を制限できます。