ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

• この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています
  • IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler
• 以下のエディションではシングルゲノムマップ（1個のゲノムのみ表示できます）となります。
  • IMCEEIMCSE
• 多重リニアゲノムマップ（Multiple Linear Genome Map）は、近縁種間の複数のゲノム染色体からのFeatureを並列に比較描画する機能です。
• 多重リニアゲノムマップ上の１つフィーチャーを右クリックすることにより、他のゲノム上の全フィーチャーに対するホモロジー検索を実行でき、そのフィーチャーが他のゲノム上に相同な藩列を持つ場合は、相同遺伝子を軸にアライメント表示できます。
• 多重リニアマップからマウス右クリックで「IMC O10 遺伝子クラスターアライメント」を実行することができます。
• PDF, PNG, EMFの各画像フォーマットでファイル出力できます。

• この機能は以下のエディションに実装されています。
  • IMCGE, AE, DS,GT
• 2つのゲノム配列間の相同領域をドットマトリックスで表示します。

• カレントゲノム配列とカレント参照ディレクトリにロードされている１つのゲノム配列を選択して比較します。
• ドットカラーをOverlap塩基長、%Identigyの段階別に設定できます。結果表示画面では、ズーム、シフト、矩形で選択した任意の領域の拡大、ドットカラー設定、ナビゲーションウィンドウ、表示ドット数の制限、フィーチャーキー表示（フィーチャ―マウスオーバーで注釈を表示）が可能です。
• ドット画像は、PDF/PNG/EMF形式でファイル出力可能で、印刷設定も可能です。
• ドットリストはCSV形式でファイル出力可能です。

ベン図（Venn Diagram）は集合論で使用される図で、3個の集合（4集合以上の場合も描画可能ですが、IMCでは3集合以下のみ描画します）間の要素の数の分布を示したものです。

それぞれの集合に属する要素を円内に示し、それらが重なり会う部分を共通要素として示します。

生物学への応用として近縁種ゲノム間の相同遺伝子の数を図示することに使用されます。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

グローバルゲノム再配置マップの描画ウィンドウです。上部と下部にそれぞれ互いに近縁なゲノム配列が直線で表現されています。上下の線分を結ぶ多数のカラーの線分は上下のゲノムで互いに相同性の高いものを結んでいます。上下を結ぶ線分のカラーは、相同性の強さの違いを示しています。中央で1点に集まる線分はこの流域が互いのゲノムで逆位になっていることを示します。中央にある小さなウィンドウはナビゲーションウィンドウで全体をズームインした場合にどの部分が表示されているかを示します。上下にあるボタンツールで画面表示や出力を設定できます。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

概要と機能

• 近縁種ゲノム間の全長にわたるゲノムリアレンジメントマップをフィーチャーレベルで作成・描画します。
• カレントゲノム配列と、カレント参照ディレクトリにロードされている近縁種ゲノム配列のうち選択（複数可）されたゲノム配列の間でペアワイズにゲノム全長を比較します。
• 核酸配列での比較と、アミノ酸配列での比較が可能です。相同性の判定基準を変更可能です。
• アミノ酸配列での比較の場合は、双方のゲノムともCDSが注釈付けされている必要があります。
• 結果画面からは、縦横ズーム、スクロール、相同ラインのピックアップ、任意のフィーチャ―キーの表示、非相同領域の表示、ナビゲーションウィンドウの表示、が可能です。
• 結果画像は、PDF/PNG/EMF形式でファイル出力可能です。相同リストはCSV形式でファイル出力可能です。

局所ゲノム再配置マップとは？ 

局所ゲノム再配置マップ(Local Genome Rearrangement Map）は、近縁種を比較する機能の１つです。２つゲノムの間の最大相同性パスに沿った相同性領域の比較を塩基配列やアミノ酸配列レベルでかつそれらゲノム上にある注釈を表示します。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

機能と特徴 

基準となるゲノム上に、異なる近縁種ゲノムとの相同領域を検出し、塩基配列およびそれぞれのゲノムのフィーチャーをアラインメントした局所的ゲノム再配置マップを描画します。この機能を、ローカルゲノムリアレンジメントマップと名付けています。

2種の近縁種間の全体にわたり、かつ局所的なゲノムリアレンジメントマップを作成・描画します。 

基準ゲノムに対して、比較対象としての近縁種のゲノム全域を写像します。 

2種のゲノム間のゲノム全域にわたり、塩基配列レベルでの相同領域を表示します。 

コーディング領域においては、対応するアミノ酸残基をアラインメント表示します。

アミノ酸残基の不一致個所をリスト表示し、そのリストの各不一致個所をクリックすることにより、対応する位置にマップを移動できます。 

一致部位と残基のリストをCSVファイル出力可能です。

リストは再ロード時に、再現表示されます。相同領域においては双方のゲノムのフィーチャーとその位置をアラインメント表示します。 

基準ゲノムとの相同性がない領域については、比較対象ゲノムのフィーチャーは表示されません。

これは、LGRMが基準ゲノムに対して比較対象ゲノムを写像するという原理から、写像されない領域すなわち、比較対象ゲノムから欠失した領域として判断されます。

解析結果は基準ゲノムのGenBank形式ファイルとして保存および再参照可能です。 

LGRM表示設定をレイアウトスタイル(LGRMレーン）として登録可能です。

LGR Mapレーンはメインフィーチャーマップの任意に位置に配置設定できます。塩基配列とアミノ酸配列の比較表示をカスタマイズできますLGRMでは通常の配列レーンをLGRM用に読み替えて使用されます。

複数の注釈つきゲノム塩基配列ファイルから、それぞれのゲノムに存在するCDSに注釈つけられたEC番号の対照リストを表示します。

• 注釈にEC番号が付加されていない塩基配列は解析できません。
• 解析対象ファイルのFeature中のEC番号を抽出します。
• EC番号の昇順に存在リストを作成します。
• GenBank/EMBL形式ファイルを2個以上指定します。
• EC_Number Correspondence Tableウィンドウが表示されます。
• この内容をCSV形式ファイルでファイル出力できます。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

遺伝子クラスターアラインメントは、複数の近縁種ゲノムの１つの遺伝子に着目し、その近傍（上流にN個の遺伝子範囲、下流にN個の遺伝子範囲）を含めて、近縁種ゲノムとの間の相同性の有無を調べ、BBHがある場合には相同遺伝子同士を帯で結合表示するものです。

• 相同性スコアにより、結合帯の描画カラーを変更できます。
• アラインメントの表示は、レファレンスフィーチャーマップ（マルチプルゲノムビューア）を使用します。
• 各ゲノムは、個々に左右にスクロール可能です。
• 全体をズームすることが可能です。
• ゲノムの表示順を変更すると、クラスタリングが終了してしまいます。
• 印刷は、Printボタンを使用します。このペインはドックアウトできます。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

パンゲノムからコアゲノムを抽出します。

• 具体的には近縁種ゲノム集団から、共通遺伝子を抽出します。
• メインカレントゲノム配列上の遺伝子と参照ゲノム配列（複数指定可能）の遺伝子との間のBBH(Best Binary Hit)が一致する場合を共通遺伝子としています。
• 参照ゲノム配列間の共通遺伝子は同定していません。
• 解析結果をファイルに保存することが可能です。
• IMCを終了した後でも、次回IMCを利用時に、このファイルを再ロードし、コアゲノム解析を続行することができます。

集団が大きい場合は計算時間がかかります。その場合は、コア数の多い計算機で実行することを推奨します。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

変異点解析は近縁種ゲノム（パンゲノム）間の変異点を塩基単位で検出します。

• カレントゲノム配列を基準として、カレント参照ディレクトリにロードされているゲノム配列から複数を選択し比較できます。
• ゲノム配列は遺伝子抽出されCDSフィーチャーが登録されている必要があります。
• 変異塩基をレファレンスフィーチャーマップ上に表示できます。
• 検出部位をCDS上あるいは遺伝子間領域のどちらかに設定できます。
• 遺伝子間領域の場合は精度が落ちます。
• 検出判定基準については、%IdentityおよびOverlap率を変更できます。
• 解析結果画面には変異塩基のリストが表示され、表示項目はゲノム配列別に変異塩基、変異位置、gene name, ocus-Tagとなります。
• 結果はCSV形式でファイル出力できます。メモリーサイズを増やすと、解析可能なパンゲノムサイズも大きくなります。
• 集団が大きい場合は計算時間がかかります。その場合は、コア数の多い計算機で実行することを推奨します。

この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています

• IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler

実装エディション：IMCGE,AE,DS