ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

• メインカレント配列に登録されているフィーチャーキー数をカウントしリストを表示します。
• 検索対象のフィーチャーを複数選択可能で、検索範囲を限定可能です。
• 検索結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされます。
• CDSではアミノ酸配列、＋鎖ー鎖のみの選択、一括削除、コドン表、連番付加、FusionPCR、などの操作が可能です。
• 行をクリックすると、メインフィーチャーマップはそのフィーチャーの位置を表示します。
• CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力が可能です。

• キーワード を入力して 注釈 を検索する機能です。対象 フィーチャーキー を複数選択可能です。
• キーワード は複数指定可能で キーワード 間の 論理演算 は AND/OR/NOT の選択が可能です。
• 検索範囲 を CDS領域、Inter Genic領域 の別に限定可能です。検索結果画面 では フィーチャーキー 別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプション へのボタン・アノテーション への ボタン がリストされます.
• CDS では アミノ酸配列 の週出、＋鎖ー鎖 のみの表示選択、一括削除、コドン表の表示、検索された フィーチャー への 連番付加、FusionPCR 機能への リスト転送、などの操作が可能です。
• 結果リストの行をクリックするとメインフィーチャーマップはそのフィーチャ―位置のマップを表示します。
• CSV/FastA/GenBank フォーマットでのファイル出力ができます。
• Qualifier 一括削除 も実装されています。

• 登録されている配列パターンを複数選択して、カレント配列中に存在するパターンを検出します。
• 検索時にパターンを新規入力して検索することも可能です。検索範囲指定可能で、検索対象ストランド，も指定できます。
• 1～２文字のミスマッチ検出可能。CDS領域あるいは遺伝子間領域の探索領域も指定可能です。
• CDSの上流・下流指定領域のみの検索可能です。また、複数配列を検索対象として設定可能です。
  検索結果画面では、パターン毎に検出個数、配列上の位置、上流下流の遺伝子を表示可能です。
• また、結果を新規フィーチャーとして自動登録が可能です。
• CSV/FastA形式で結果をファイル出力が可能です。
• 検索結果リストの行をクリックすると、メインフィーチャーマップはそのパターンの位置がマップの中央となるように移動し、配列レーン上の該当するパターン配列がハイライトされます。

• 遺伝子機能コード（コードは任意ですがCOG分類が一般的です）を複数選択して、それらの機能を持つCDSフィーチャーを検索します。
• 検索範囲指定可能で、複数配列を検索対象にできます。
• 検索結果画面からはそれぞれの機能分類毎のCDS数、配列上の位置、ストランド、COGの説明、locus_tag、上流下流の遺伝子、CDSの塩基配列、デスクリプションウィンドウおよびアノテーションウィンドウへのリンクが表示されます。
• アミノ酸配列を別途出力可能です。
• ヒットCDSの一括削除、Fusion PCR, コドン使用頻度表表示が可能です。
• 結果リストの行をクリックするとメインフィーチャーマップはその位置を表示します。
• CSV/FastA/GenBank形式でのリスト出力も可能です。
• 検索されたフィーチャ―だけをカレントマップ上に表示するオプションもあります。

参照ゲノムマップ に ゲノム塩基配列 をロードするだけで Blast検索用データベース が自動的に作成され、そのデータベースに対する 相同性（Blast)検索 を簡単に実行できます。

相同性検索 には クエリー配列 と 配列データベース および 検索プログラム の指定が必要です。

検索を実行するには以下の方法があります。

• クエリー配列 を直接入力する方法
  • メインメニュー -> Genome Analysis > Homology Search > Homology Search by Direct Input Sequence
• クエリー配列 をペーストする 方法
  • メインメニュー -> Genome Analysis > Homology Search > Homology Search by Direct Input Sequence
• ファイルとして保存されている クエリー配列ファイル を参照する方法
  • メインメニュー -> Genome Analysis > Homology Search > Homology Search by Direct Input Sequence
• メインフィーチャーレーン 上の１つの フィーチャー を 右クリック して、その フィーチャ― の配列を クエリー配列 とする方法
  • マウス右クリックメニュー -> Show Homology
    • Show Homology N.A. 検索対象は レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の塩基配列
    • Show Homology A.A. 検索対象は レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の各CDSのアミノ酸配列
    • Show Homology N.A. (Nucleotide Sequence DB) > XXXX 検索対象XXXXは登録されている 塩基配列データベース
    • Show Homology A.A. (Amino Acid DB) > XXXX 検索対象XXXXは登録されている アミノ酸配列データベース
    • Show Homology N.A. (NETBLAST) 検索対象はNCBIデータベース（インターネットに接続している必要があります）
    • Show Homology A.A. (NETBLAST) 検索対象はNCBIデータベース（インターネットに接続している必要があります）
    • Show Batch Homology Search Result 過去にこのフィーチャーに対してBatch Homology Search が実行されている場合に検索結果を表示できます。
• 参照フィーチャーマップ 上の１つの フィーチャー を 右クリック して、その フィーチャ― の配列を クエリー配列 とする方法
  • -> Show Homology N.A. 検索対象は メインフィーチャーマップ 及び レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の塩基配列
  • -> Show Homology A.A.検索対象は メインフィーチャーマップ 及び レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の各CDSのアミノ酸配列
• メインフィーチャーレーン の 選択領域（マウスドラッグ で選択できます）にあるすべての フィーチャー の配列を クエリー配列（複数クエリー）とする：GE以上に実装
  • -> Homology Search by Selected Feature
  • -> Autoannotation by Selected Area

検索用の データベース には以下があります。

• カレント参照フィーチャーマップ にロードされている ゲノム塩基配列（CDS上のアミノ酸配列を含む）
• 登録されている ゲノム塩基データベース あるいは アミノ酸配列データベース
• インターネット経由 で NCBI の 塩基配列データベース あるいは アミノ酸配列データベース

検索プログラムは以下から選択できます。

• BlastN
• BlastP
• BlastX
• tBlastN
• tBlastX

IMC E01 制限酵素処理を参照ください。