Version 9.3で全貌をリリースしたDNA Fragment Assembly Workbenchの機能を説明します。DNA Fragment Assembly Workbenchは大きく以下の機能に分かれています。
- A MainTreeで選択されているカレントフォルダの全フラグメントを対象にライゲーションシミュレーションを実行します。
- A-1 フラグメントテーブルの各フラグメント末端形状が図示されます。
- A-2 各フラグメントおよびプロダクトのリン酸化(-PPP)・脱リン酸化(-OH)状態が図示されます。
- A-3 ライゲーションプロダクトの絞り込みフィルターを指定できます。
- 環状となるプロダクトのみを表示するフィルター
- 指定フラグメント数以上からなるプロダクトのみを表示するフィルター
- A-4 フラグメントテーブルで選択されている全フラグメントをライゲーションすることなくテーブルに表示された順序でプラスミドマップを描画できます。
- A-5 生成されるプロダクト数が指定以上の場合は、実行を抑制します。デフォルトは1,000,000
- B ライゲーションの可能性のあるフラグメントの組み合わせをグラフィカルに表示します。
- B-1 ライゲーションできるフラグメント末端同士を並べて、オーバーハング塩基をカラーで表示するため、ライゲーション可能性が見やすくなっています。
- B-2 環状DNAとなるプロダクトにはサークルアイコンが表示されるため、環状化するかどうかがわかりやすくなっています。
- B-3 各フラグメントは異なるカラーで表示されるため、フラグメントの識別が容易です。
- B-4 ライゲーションキャンバス上に描画されたプロダクトは二次元ズームできます。マウス右クリック＋XYドラッグで、XY方向の比率に応じたズームが実行されます。
- B-5 ライゲーションシミュレーションの結果を見て、妥当であれば「Ligate」ボタンをクリックして、実際に必要なプロダクトを生成するライゲーションを実行できます。
- C ライゲーションプロダクトのテーブルが表示されます。
- C-1 プロダクトテーブルにフラグメントIDの順序が表示されます。
- C-2 プロダクトテーブルのプロダクト末端形状が図示されます。
- C-3 プロダクトのリン酸化(-PPP)・脱リン酸化(-OH)状態が図示されます。
- C-4 プロダクトの環状化前後の全塩基長が表示されます。（）内が環状化前の塩基長です。
- C-5 フラグメントの結合部分と末端状態および環状化の有無がPreviewカラムに表示されます。
- C-6 ライゲーションされたプロダクトは任意の制限酵素によるゲル電気泳動のシミュレーションを実行できます。
- D ライゲーションプロダクトをGenBank形式ファイルとして指定するフォルダーに保存します。
- D-1 保存されるGenBankファイル名は、指定したPrefixおよび指定された開始番号をもつ連番で指定できます。
- E A~Dの「ライゲーションシミュレーションおよびライゲーション実行機能」以外に選択されているフラグメントをConstructionCanvasに一つずつドロップしてライゲーションプロダクトを伸長していく方法もあります。
(これは現在開発中機能ですが、一部は使用可能です)- E-1 フラグメント（ベクターを含む）を1個ずつドロップして、ライゲーションプロダクトを伸長させながら、コンストラクトを実行できます。
- E-2 ドロップされたフラグメントをキャンバスからRemoveできます。
- E-3 生成されたプロダクトのプラスミドマップを描画できます。
- E-4 Cのライゲーションプロダクトと同様にGenBankファイルとして保存できます。