GTの操作に慣れるため、サンプルデータを使ってBAMインポートの仕組みと操作を行います。
このBAMファイルは、VelvetによるNGSリードのアセンブリ結果です。
GTを起動します。
初期状態では、メインウィンドウは以下のように表示されます。
TREEペインのRootノードの上で、マウス右クリックします。
メニューが表示されます。
Expand Allを選択します。
TREEペインのノードがすべて展開されます。
一番上の「bam_importing」を使用します。
「bam_importing」ノードの上でマウス右クリックします。
メニューが表示されます。
New Analysis Node -> Importing を選択します。
BAM-Importing ダイアログが表示されます。
Add をクリックします。
「Add BAM Files(s)」ダイアログが表示されます。
Ref… をクリックして、デモデータ領域にある、BAMファイルを選択します。
「Set」をクリックします。
BAM-Importing ダイアログに戻ります。
チェックボックスすべてにチェックします。
Setをクリックします。
Start Importing 確認メッセージが表示されます。
「はい」をクリックします。
インポートの実行が開始され、進捗メッセージが表示されます。
インポートが終了すると、完了メッセージが表示されます。
TREEペインのbam_importing ノード新規のインポートノードが生成されます。
新規ノードをクリックして、展開します。
Velvet ノードの上でマウス右クリックします。
メニューが表示されます。
「Show BAM Information」を選択します。
BAM Information ダイアログが表示されます。
タブをクリックして、ペインを切り替えます。
Velvet ノードの上でマウス右クリックします。
メニューが表示されます。
「Show Read Alignment」を選択します。Alignment Viewerが表示されます。
Alignment Viewerはリサイズできます。