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IMC: Batch PCR Primer Designについて教えて下さい

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13 10月 2010 21:06 #89 by akr
IMCのBatch PCR Primer designについて教えてください.

 Helpに見つけることができなかったのですが,例えば,bacteriaの全ORFを増幅するプライマーのデザインは可能でしょうか(例えば大腸菌なら遺伝子が4000個なので4000セットのprimerが出力される)?
 
 使用方法もよくわかりません.defaultの条件でファイルを読み込ませて,find primer pairで走らせても,何のprimer pairも得ることができません.どのように使用するのか教えてください.

「T大学Mさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

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13 10月 2010 21:07 #90 by akr
Replied by akr on topic 操作方法
まだヘルプに記載しておらず、申し訳ありません。

まず、Feature Key SearchをCDSについて実行します。
結果をCSVで保存します。

次に、Batch Homology Searchを起動します。
そこで一番上のファイル指定のところで、保存したCSVファイルを指定します。

Find Primerを実行します。

するとCDSを増幅するプライマーセットが設計されます。

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13 10月 2010 21:08 #91 by akr
Replied by akr on topic 結果が表示できません
defaultの条件で,添付しましたファイルについてprimer designをしたのですが,エラーは表示されないものの結果を得ることができませんでした.
 個別の遺伝子を選択し,同じdefault parameterでfind primerを行った場合には,結果が表示されます.
 ご多忙のところ申し訳ありませんが,どのような原因が考えられますでしょうか?おしえてください.

「2010/08/27 T大学Mさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

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13 10月 2010 21:09 #92 by akr
Replied by akr on topic ご報告
CDS Feature Keyを出力したCSV ファイルを指定して、
添付のパラメータで実行したら、ある程度設計できました。
あまりCDSに近いと類似配列がある場合が多く、設計できない
場合があります。

IMC Developer

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