IMC:アセンブルしたばかりの多数のコンティグ配列に対してあるクエリー配列で相同性検索を行いたいが、メニューが出てこない。

従来型のシーケンサでシーケンシングして、メタゲノムギャンブラーでアセンブルした結果得られたコンティグ配列（複数）のなかから
別のある塩基配列をクエリーとした相同性検索を行おうとしたが、相同性検索のメニューが出てこない。

2010/10/21「J大学Ｉさんからの質問」フォーラム開設以前のため、代理投稿しました。-Forum Administrator-

NCBI Blastの設定がうまくいっていない可能性がありますので、Blastが正しく設定されているかどうかを確認します。

1. メニューのOption Setting --> Option Setting -> commnadsタブ　を開きます。
2. そこにblastなどの実行ファイルが正しく設定されているかを確認します。
3. 下記のようにブランクの場合は正しく設定されていません。

この場合は、各項目の右側のRef..ボタンをクリックして、NCBI BLASTがインストールされている場所から
blastの実行ファイルを指定します。

Windowsの場合は、
C:\Prograim files\isb\imc_xx\bin\blast\binの下にあるblastall.exeとformatdb.exeを指定します。
Macの場合は、
Applications/imc_xx/bin/blast/blast-x-x/binの下にあるblastall.exeとformatdb.exeを指定します。

Applyボタンをクリックします。

次に、コンティグのファイルであるMultiple FastA形式のファイルを指定して、相同性検索用のデータベースを作成します。
１．メニューの File --> Create Blast DB を選択します。
　・すると以下のデータベース設定ダイアログが表示されますので、「Add Nucleic Acid DB..」をクリックします。



２．以下のダイアログが表示されるので、コンティグのファイル名と任意のデータベース名、および任意の格納場所を指定し、
　　Setボタンをクリックします。これでデータベースが登録され、検索メニューに表示されるようになります。