Copy Reverse complement
- SIshikawa
- トピック作成者
- 訪問者
-
05 7月 2011 11:47 #234
: SIshikawa
Copy Reverse complement \
作成者SIshikawa
いろいろな機能のupdateしていただき、ありがとうございます。
質問とお願いです。
(1)
tilling arrayのデータを持つfileから、
選択した領域の
TillingArrayのfeature以外の配列をfeature付きでコピーしたいのですが、どのようにすれば良いのでしょうか?
tilling arrayの情報と一緒にコピーすると、情報量が多すぎてコピーに時間がかかり、特に長い領域だとコピーできない時もあります。
現在は、コピーした後TillingArrayのfeatureを消去して使用しています。
(2)
Copy Reverse complement sequenceという機能がありますが、
Copy Reverse complement sequence and feature(s)はないのでしょうか?
featureも反対にして挿入したいので、無ければ是非、追加してください。
(3)
CDSにアミノ酸配列が付いていない時にtranslationを選んで情報を追加するのですが、逆向きの遺伝子には正確にアミノ酸が翻訳されません。
trasl_tableのsettingが間違っているのでしょうか?
お教えください。
質問とお願いです。
(1)
tilling arrayのデータを持つfileから、
選択した領域の
TillingArrayのfeature以外の配列をfeature付きでコピーしたいのですが、どのようにすれば良いのでしょうか?
tilling arrayの情報と一緒にコピーすると、情報量が多すぎてコピーに時間がかかり、特に長い領域だとコピーできない時もあります。
現在は、コピーした後TillingArrayのfeatureを消去して使用しています。
(2)
Copy Reverse complement sequenceという機能がありますが、
Copy Reverse complement sequence and feature(s)はないのでしょうか?
featureも反対にして挿入したいので、無ければ是非、追加してください。
(3)
CDSにアミノ酸配列が付いていない時にtranslationを選んで情報を追加するのですが、逆向きの遺伝子には正確にアミノ酸が翻訳されません。
trasl_tableのsettingが間違っているのでしょうか?
お教えください。
ログイン は対話に参加してください。
- akr
- トピック作成者
- 訪問者
-
06 7月 2011 09:34 #235
: akr
(3)のご質問は、ORF Extractionと同じ原因によるバグでした。への返信 by akr
ORF Extractionのバグは、ORF範囲の塩基配列を1塩基分多く設定してしまうものでしたが、これがReverse側のORFとなると最初に1塩基余計につくことになり、結果として読み枠がずれてしまいました。
現在バグ修正作業中です。
現在バグ修正作業中です。
ログイン は対話に参加してください。
- akr
- トピック作成者
- 訪問者
-
06 7月 2011 09:53 #236
: akr
(2)については現在この機能はありません。への返信 by akr
Copy Reverse complement sequence and feature(s)は現在は実装されていません。
ご指摘のように、
Copy Sequence
Copy Reverse Complement Sequence
Copy Sequence and Feature(s)
の3種があって、1種だけないのはインバランスなので、今後の開発案件に追加します。
ご指摘のように、
Copy Sequence
Copy Reverse Complement Sequence
Copy Sequence and Feature(s)
の3種があって、1種だけないのはインバランスなので、今後の開発案件に追加します。
ログイン は対話に参加してください。
- akr
- トピック作成者
- 訪問者
-
06 7月 2011 10:05 #237
: akr
(1)についてはFeature & Qualifierのフィルタリング機能を使いますへの返信 by akr
GenBankファイルの整形用に、Feature & Qualifierのフィルタリング機能があります。
この機能は、現在nGenBank/EMBLファイルから、指定したFeature KeyあるいはQualifierを除去したGenBank/EMBLファイルを生成するものです。
メニューから、Option Setting --> Screening でFeatureのTilingArrayにチェックを入れて、
Save as ...を行います。このとき、安全策として、Screen Feature(s)にチェックしないとフィルタリングされません。
この機能は、現在nGenBank/EMBLファイルから、指定したFeature KeyあるいはQualifierを除去したGenBank/EMBLファイルを生成するものです。
メニューから、Option Setting --> Screening でFeatureのTilingArrayにチェックを入れて、
Save as ...を行います。このとき、安全策として、Screen Feature(s)にチェックしないとフィルタリングされません。
ログイン は対話に参加してください。
ページ作成時間: 0.101 秒