IMC:GenBankファイル結合機能(Save t-Join)の改善希望

IMGの改善要望があります。

Multi Genbank Fileを一つにまとめる、Save t-Join Formatコマンドについてです。

一つにマージした後、どの領域がどのコンティグ由来かの情報を残してもらいたいのです。

例えば、Feature Keyに contig というキーを追加し、これに各GenbankのLOCUS情報を
入れたらどうでしょう？

例えば、MiGAPからMulti Genbank形式でダウンロードした物を、IMGでマージすることを
想定しています。LOCUSタグは以下のようになっています。

LOCUS NODE99_length_999_cov_99.999999

ご検討の程、よろしくお願いします。

「2010/9/15 TN大Ｓさんからの改善要望」を代理投稿しました。-Forum Administrator-

ご要望には、以下の方法により対応いたします。

１．どの領域がどのコンティグ由来かについて
　
・そのコンティグ全領域（全塩基配列）にわたるsourceフィーチャーがある場合は、それを利用してします。
・各コンティグそれぞれの全塩基配列にわたるsource フィーチャーがない場合は、ファイル結合時にsource フィーチャーを生成します。

・sourceフィーチャーのどのQualifierにどの情報を設定するかについては、さらに議論するため、ご意見ください。

・IMCでは従来より、IMCで生成したGenBankファイルについては、配列全体にわたるフィーチャーとしてsourceフィーチャーを付加していました。

２．指定個数のN塩基で埋めたギャップに対応するフィーチャーの生成

・同様に、指定個数のN塩基でコンティグ間を埋めた領域については、gapフィーチャーを生成します。

IMC開発担当者

とりあえず、IMC Version 4.2.3にて対応しました。

IMC Developer