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GTの操作に慣れるため、トレーニング用サンプルデータを使ってVelvetによるアセンブリの仕組みと操作を練習します。

このBAMファイルは、VelvetによるNGSリードのアセンブリ結果です。

この操作は、GenomeTraveler上で実行可能です。

操作

GTを起動します。

TREEペインのVelvet_assembling　Nodeを右クリックします。

メニューが表示されます。

Expandを選択します。

velvet_assembling ノードが展開されます。

１つのVelvet-Assembling　ノード上でマウス右クリックします。

メニューが表示されます。

Expandを選択します。

kmer_21/velvet_asm.afg　というノードが表示されます。

そのノード上でマウス右クリックします。

メニューが表示されます。

メニューは１つだけで、「Convert Afg to Bam」を選択します。

これはVelvet Assemblerの出力ファイル形式であるafgフォーマットファイルをアライメントビューアでの閲覧用のファイルフォーマットであるBamフォーマットファイルに変換する機能です。

確認メッセージが表示されます。

「はい（Y)」をクリックします。

ファイル変換が実行されます。

実行中は進捗メッセージが表示されます。

終了すると、完了メッセージが表示されます。

「OK」をクリックします。

kmer_21/velvet_asm.bam というノードに変わります。

このノード上でマウス右クリックします。

メニューが表示されます。

「Show Read Alignment」を選択します。

表示処理中は進捗メッセージが表示されます。

Alignment Viewerが表示されます。