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Align View タブペインでは、Alignment Viewerの表示設定を変更できます。

• Feature Pane のスクロール、ズーム設定
• Fragment Pane の自動スクロール設定
• 表示制限設定
• ペインの表示順設定

Map Scale Parameters　セクション:

このセクションではメインフィーチャーマップのズームや横スクロール、を設定します。

Zoom In プルダウンメニュー： プルダウンメニューからフィーチャーマップのズームインの倍率を選択します。マウス1回のクリックでX2は2倍、X4は4倍、X8は8倍の拡大となります。

Zoom Out プルダウンメニュー：プルダウンメニューからフィーチャーマップのズームアウトの倍率を選択します。マウス1回のクリックでX2は2倍、X4は4倍、X8は8倍の縮小となります。

Base Shift Left プルダウンメニュー：プルダウンメニューからSequence Lane　の左スクロール幅を選択します。Sequence Laneの横サイズを１とした場合の左スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、１は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を左スクロールします。

Base Shigt Right プルダウンメニュー：プルダウンメニューからSequence Lane　の左スクロール幅を選択します。Sequence Laneの横サイズを１とした場合の右スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、１は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を右スクロールします。

Map Shift Left プルダウンメニュー：プルダウンメニューからメインフィーチャーマップの横スクロールの幅を選択します。メインフィーチャーマップの横サイズを１とした場合の左スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、１は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を左スクロールします。

Map Shift Right プルダウンメニュー：プルダウンメニューからメインフィーチャーマップの横スクロールの幅を選択します。メインフィーチャーマップの横サイズを１とした場合の右スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、１は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を右スクロールします。

Auto Scroll セクション:

Type ラジオボタン： Consensus (Sequence Alignment)Paneにおける、Read配列の表示方法を指定します。

North West ラジオボタン：オンの時、横スクロールすると配列表示領域にある一番上のReadが左上隅に表示されます。

Center ラジオボタン：オンの時、横スクロールすると配列表示領域にある中央のReadが表示されます。

South East ラジオボタン： オンの時、横スクロールすると配列表示領域にある一番下のReadが右下隅に表示されます。

Limitation セクション

Allocate Contig Range (bp) 入力フィールド：正の整数を入力します。参照ゲノムへのマッピングの際は、このサイズで参照ゲノムが分割され、横スクロール操作で、コンティグが移動する度にIOが発生します。このサイズを大きくすると高速な表示が可能となりますが、より大きなメモリーが必要となります。

When [Packing Arrangement] Policy is selected, set the maximum depth to display 入力フィールド： ゼロ以上の整数を入力します。ゼロの場合は、無制限となります。入力した数値のDepth までが表示され、それを超えるDepthになった場合は、指定したDepthまでのReadしか表示されません。

Allocate Memory for Mapped Read Sequences チェックボックス：チェックするとマップされたRead用のメモリーを確保します。

Draw Area (Pane) Order セクション

4種のペインの表示順を設定ます。マウスドッグアンドドロップで順序を変更します。

• Navigation Area: Navigation Pane の表示
• Feature Area: Feature Pane の表示
• Sequence Area: Consensus Pane の表示
• Fragment Area: Fragment Pane の表示

「Set」 ボタン： 変更したパラメータを適用します。

「Cancel」 ボタン： 変更したパラメータを適用せず、キャンセルします。