IMC i05 Fragment Assembly on PlasmidMap

Version 9.3で全貌をリリースしたDNA Fragment Assembly Workbenchから派生したFragment Assembly on PlasmidMapについて概略を説明します。

Fragment Assembly on PlasmidMap機能は、ベクターを含む複数のDNAフラグメントを任意の順序でライゲーションするためのツールです。機能は以下のステップに分かれています。

• A IMC MainDirectoryTreeのカレントフォルダー上にある選択されたGenBank形式のDNAフラグメントファイル(ベクターも含めることができます)をツリー上の順序で仮結合(ライゲーションせずにそのまま並べるのみ)し、環状プラスミドマップ形式あるいは線状プラスミドマップ形式で描画します。
  • A-1 各DNAフラグメントファイルにAnnotationされているすべてのFeature Keyを表示できます。
  • A-2 現在編集できるFeature Key別の表示属性は以下の通りです。
    • フィーチャーキー別の表示・非表示の選択
    • フィーチャーキー描画カラー
    • 表示する同心円の順序
    • 各フィーチャーの識別に使用するFeature KeyのQualifier
    • 表示するフィーチャーの形状(現在は3種類から選択)
• B プラスミドマップの機能は以下の通りです。
  • B-1 Radialズーム機能は環状プラスミドマップを半径方向に拡大・縮小する機能です。
  • B-2 線状の配列レーンを持っています。ここには、現在選択されているセクター部分の塩基配列がダブルストランドで表示されます。
  • B-3 セクター指定のためのRadialハンドルは、環状マップの周囲をドラッグして配列レーンに表示する領域を指定することができます。
  • B-4 仮結合部分へのジャンプ移動機能があります。
• C 仮結合領域でDNAフラグメントを結合するためのプライマー設計機能を実装しています。
  • C-1 現在実装されているAssembly手法は以下の通りです。
    • Gibson Assembly
    • In-Fusion Assembly
    • Golden Gate Assembly
    • Seamless Ligation Cloning Extract (SLiCE)
    • Yeast Homologous Recombination
    • USER Cloning / USER Assembly
    • Overlap Extension PCR
    • MoClo / Golden Braid / BASIC
  • C-2 配列レーン上で結合領域付近をマウスドラッグすることでプライマー候補配列を選択できます。
  • C-3 選択されたプライマー候補配列に任意の制限酵素認識部位を付加できます。
    • 認識部位の編集はロックされています。
  • C-4 選択されたプライマー候補配列を編集できます。
  • C-5 選択されたプライマー候補配列のTm/GC contentsなどを計算します。
• D 設計されたプライマー候補配列に任意のファイル名を付加して、Primerデータとして保存します。
  • D-1 任意の接頭詞を付けて、任意の番号からの連番を付加できます。
  • D-2 設計時に参照したDNAフラグメント配列情報も保存できます。