WB:DNA Assembly Workbenchの左ペイン下部には、「Product」タブペインと「Matrix」タブペインがあります。ここでは、その中のProductタブペインでの操作について説明します。
多数のボタンがありますが、それらは以下の4種類に分類されます。
- ライゲーションSimulationなどの操作実行ボタン群
- プロダクトテーブルの選択操作
- プロダクトのフィルターアウト機能
- プロダクトの保存操作
＊＊＊ここにボタン群のスクリーンショットを配置＊＊＊
ライゲーションSimulationなどの操作実行ボタン群
- Simulate Ligationボタン: フラグメントテーブルのフラグメントが2個以上選択されている状態で、Simulate Ligationボタンをクリックすると、ライゲーションのシミュレーションが実行されます。これは実際のライゲーションを行わず、その可能性を表示するためにあります。このとき、ライゲーション可能性のあるフラグメントは右にあるLigation Canvas上に結合できる順序で整列され、結合される突出末端同士もカラー塩基で表示され、整列されます。ただし、そのプロダクトが環状になる可能性がある場合は、環状化は行わず一番若いフラグメントIDを先頭にした線状DNAとして表示され、そのプロダクトの先頭に環状アイコンが表示されます。同時にプロダクトテーブルに結合可能性のあるフラグメント組合せを持つプロダクト候補リストが表示されます。
- Ligateボタン: Simulate Ligationを実行した後に、このボタンをクリックするとフラグメント同士が結合され1本のプロダクト配列として生成されます。右ペインのLigation Canvasには突出末端同士が結合されたPreview画像が表示されます。
シミュレーション予想数値の表示(ライゲーション可能性シミュレーションの予想結果を表示します):
- Total (N1): 予想されるプロダクトの数
- Full Chain (N2): そのうち、全部のフラグメントを1個ずつ使用するプロダクトの数
- Drawn (N3): Ligation Canvas上に描画されるプロダクトの数
プロダクトテーブルの項目:
- Checkボックス: 操作対象とするプロダクトを選択します。
- Ligated: Ligationの実行後、実際にライゲーションされたプロダクトが自動的にチェックされます。
- Product ID: 表示順に自動的に付加されたIDで、Prefixが「P」で後は1から連番が付加されます。
- Total Length: プロダクトの塩基長を表示します。環状化するプロダクトの場合は、オーバーハング部分をダブルカウントした数値が（）内に表示されます。
- 5'End Preview: プロダクトの5'Endのダブルストランド塩基表示およびリン酸化表示
- 3'End Preview: プロダクトの3'Endのダブルストランド塩基表示およびリン酸化表示
- Preview: 生成されたプロダクトの末端および結合部分の塩基構成を塩基別にカラー表示します。
プロダクトテーブルの選択操作
プロダクトテーブル上のプロダクトの選択はチェックボックスのオンオフで行います。また、Select Allボタンで全プロダクトが選択され、Reverse Selectedボタンで現在の選択状態を逆にします。
プロダクトのフィルターアウト機能
生成されるプロダクトの数が多いと予想される場合に不要なプロダクトをフィルターアウトする機能です。
- Show All: このボタンがオンの場合は、フィルターアウトせず、結合可能性のあるプロダクトを全部表示します。
- Full Chain Only: 選択された全部のフラグメントが結合されるプロダクト以外はフィルターアウトされます。
- Fragment count range (n ~ m): 生成されたプロダクトが指定したフラグメント数の範囲にない場合はフィルターアウトされます。
- Circular products only: 生成されたプロダクトが環状になるもの以外はフィルターアウトされます。
- Group Duplicate Circular Structures: 環状化するプロダクトで、構造が一致するものが複数存在する場合は、そのうち1個以外はフィルターアウトされます。フィルターアウトされないのは、その中でフラグメントIDが一番若いフラグメントが先頭にあるプロダクトです。
プロダクトの保存操作
プロダクトテーブルでLigationが実行され、かつチェックボックスで選択されているプロダクトをGenBankファイルとして、指定したディレクトリに保存します。
保存先ディレクトリの指定はChoose Directory…ボタンを実行すると、表示されるディレクトリ選択ダイアログで行います。
保存されるファイルは以下の方法を選択できます。
- 自動生成されたプロダクトIDをファイル名として使用します。
- 指定したPrefixに指定した数から始まる連番を付加したファイル名で保存します。