scaffoldingList のカラムの意味

YShiwa
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24 12月 2010 07:26 #495 : YShiwa

scaffoldingList のカラムの意味 \ 作成者YShiwa

連結されたコンティグのリスト「scaffoldingList」において、
以下の各カラムの意味は何でしょうか？

Order1 Name1 Order2 Name2 Counts
28 contig00032 1280 contig01712 472

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akr
トピック作成者
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24 12月 2010 08:28 #496 : akr

Re: scaffoldingList のカラムの意味への返信 by akr

Order1とOrder2は、各Contig配列に自動的に付けられた連番です。
Contig数が10000本あれば、1から順に1ずつ増分され、最後は10000になります。
末尾の１と2はペアエンドでブリッジされた「左側コンティグ＝１」と「右側コンティグ＝２」を意味します。
Name1とName2は、コンティグの定義行の内容が表示されます。
Countはその２つのコンティグをブリッジしているペアエンドの数を示します。

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