MGG:MGGで次世代シーケンサデータのde novo アセンブルは可能ですか？

akr
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06 11月 2010 22:03 #621 by akr

MGG:MGGで次世代シーケンサデータのde novo アセンブルは可能ですか？ was created by akr

次世代シークエンサー(454, illmina genome analyzer)から得られた配列をGUI
上でde novoアッセンブルできるソフトを探しています。MGGプロフェッ
ショナル版とInsilicoAssemblerはこの目的で利用できますでしょうか。

2010/11/5 「Y研究所Tさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

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akr
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06 11月 2010 22:05 #622 by akr

Replied by akr on topic 454はある程度可能です。Illuminaのアセンブルはできません。

MGGPW(MGGP+ISASM)では、454の長塩基配列のアセンブルはある程度可能（20万件程度）ですが、
Illumina等の短塩基長のアセンブルはできません。

GenomeTravelerには近日中に（おそらく2ヶ月以内に）いくつかのパブリックな
Short Read de novo Assemblerを内部的に起動してGUIで操作できるにする予定です。

-MGG Developer-

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