COGの機能分類コードを各ORFに自動的に付加する方法が知りたい

AgentUser
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03 2月 2011 23:14 #623 by AgentUser

COGの機能分類コードを各ORFに自動的に付加する方法が知りたい was created by AgentUser

すでにORF同定されている原核微生物ゲノム塩基配列に対して、自動的にCOGの機能分類コードを付加して、それをフィーチャーマップ上に機能別に色分けして描画する方法を教えてください。

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akr
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10 2月 2011 23:33 #624 by akr

Replied by akr on topic 以下の方法で実行します

COGアミノ酸配列データベースを入手します。
ここからもダウンロードできます。
メニューからFile --> Create Blast DBを選択します。
COGアミノ酸データベースを指定して、そのデータベースを作成します。
自動的にCOGコードを付加するORFをもつGenBank/EMBLファイルを読込ます。
メニューからGenome Analysis --> Homology Search by All Featureを選択します。
COGデータベースを選択し、セットボタンをクリックして実行します。
ORF数が多いと実行時間がかかります。
Homology検索が終了したら、メニューからView --> Show with Classification Colorを選択します。

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