IMC: IMCGEでの大量相同性検索

in silico molecular cloning genomic editionをごく最近購入した者です。
初歩的な質問と思いますが、ご容赦ください。
現在、自分たちが読んだscaffold dataを読み込み、そのデータに対して、ある遺伝子のオルソログが存在しているか、どうかを、相同性検索で調べたいと思っています。
やったかぎりでは、ひとつのscaffold に対しての相同性検索はできているようですが、すべてのscaffold（２千個程度）全体に対して、どのように相同性検索をおこなえばいいのか、ちょっとわかりません。やりかたを教えていただけないでしょうか？
よろしくお願い申し上げます。

「2010/09/28 K大学Ｔさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

大量の配列がある場合の簡単な方法としては、
１．２千個あるScaffoldを一旦全部IMCに読みこみ、
それらの配列の間に一定個数のN塩基を挿入して、全部を１つのファイルに
結合します。
　　File⇒Read Sequence files into feature map
Edit⇒Select All
File⇒Save t-Join Fomat
２．今度は、結合された配列を再度読み込んで、相同性検索を実行します。

以上で実行可能と思います。

IMC Developer