DNAの片側の鎖上のCDSの数の求め方について
- DLN
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06 12月 2010 23:01 #165
by DLN
DNAの片側の鎖上のCDSの数の求め方について was created by DLN
それぞれの鎖上のCDSの数を求める機能があれば教えてください。
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- akr
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07 12月 2010 04:15 #166
by akr
Replied by akr on topic 「正規の」方法はありません。あまりよくない邪道があります。
現Version4.2.12 では、両鎖の総数はFeature Key Search機能およびFeature Statistics統計機能で簡単に表示できますが、片鎖の上のCDS総数を「正規に」求める方法はありません。
あまりよくない方法ですが、上記のFeature Key Search機能を使い、数えない方のStrand上のCDSを全部削除すると総数を表示させることは可能です。
操作方法
1.MenuのSearch --> Feature Key Searchを選択します。
2.CDSにチェックを入れ、Setボタンをクリックします。
3.すると両鎖のCDS数が表示されます。
4.CDSにチェックを入れると、全CDSのリストが表示されます。
5.Select All on Plus Strand あるいはSelect All on Minus Strandをクリックします。
6.選択したStrandの全CDSにチェックが入ります。
7.Delete Feature をクリックします。ここではまだ完全には削除されていません。
8.Menu からDelete All Feature Completelyを選択します。ここで指定したStrand上のCDSが削除されます。
9.再度1~3を実行します。これで片Strand上のCDS数をカウントできます。
10.このファイルは上書き保存しないようにします。
IMC Developer
あまりよくない方法ですが、上記のFeature Key Search機能を使い、数えない方のStrand上のCDSを全部削除すると総数を表示させることは可能です。
操作方法
1.MenuのSearch --> Feature Key Searchを選択します。
2.CDSにチェックを入れ、Setボタンをクリックします。
3.すると両鎖のCDS数が表示されます。
4.CDSにチェックを入れると、全CDSのリストが表示されます。
5.Select All on Plus Strand あるいはSelect All on Minus Strandをクリックします。
6.選択したStrandの全CDSにチェックが入ります。
7.Delete Feature をクリックします。ここではまだ完全には削除されていません。
8.Menu からDelete All Feature Completelyを選択します。ここで指定したStrand上のCDSが削除されます。
9.再度1~3を実行します。これで片Strand上のCDS数をカウントできます。
10.このファイルは上書き保存しないようにします。
IMC Developer
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- akr
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10 2月 2011 23:22 #167
by akr
Replied by akr on topic IMC Version 4.3.1にて、これらの数字を表示する方法が実装されました。
IMC Version 4.3.1にて、これらの数字を表示する方法が実装されました。
フィーチャーキー検索機能あるいはフィーチャー統計機能において、片ストランドだけを全部選択するボタン「Select All on Plus/Minus Strand」をクリックすると右肩にチェックされた総数が表示されます。
フィーチャーキー検索機能あるいはフィーチャー統計機能において、片ストランドだけを全部選択するボタン「Select All on Plus/Minus Strand」をクリックすると右肩にチェックされた総数が表示されます。
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