各CDSの塩基数/アミノ酸数を知るには?
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21 12月 2010 20:25 #174
by DLN
各CDSの塩基数/アミノ酸数を知るには? was created by DLN
各CDSの塩基数/アミノ酸数が表示されている場所はありますか?
今はCDS右クリックでDescription window内のLocationでFrom Toの数値から算出していますが
この付近に塩基数/アミノ酸数が表示されていると助かります。
今はCDS右クリックでDescription window内のLocationでFrom Toの数値から算出していますが
この付近に塩基数/アミノ酸数が表示されていると助かります。
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- akr
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21 12月 2010 23:33 #175
by akr
Replied by akr on topic Codon Usageを使います。
CDSを1個ずつ調べるには、以下の方法があります。
IMC Developer
- フィーチャーマップの該当するCDSの上でマウス右クリックします。
- ポップアップメニューからShow Codon Usage...を選択します。
- Codon使用頻度表が評され、その上部に核酸数とCodon数が表示されます。
- Codon数にはストップコドンが1個含まれているので、アミノ酸数はCodon数マイナス1となります。
- ツールボックスのShow Codon Usageボタンをクリックします。
- ゲノム全体の全CDS上の総塩基数と総コドン数が表示されます。
- 全CDS数も表示されるので、総アミノ酸数=総コドン数-総CDS数となります。
IMC Developer
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21 12月 2010 23:41 #176
by admin
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