in silico biology, inc.

最新製品リリース情報

フォーラム　メニュー

重要なお知らせ

逆引き辞書

Maximenu JA

short ORF 抽出方法を教えてくれませんか？

  • LongZhu
  • Topic Author
  • Visitor
  • Visitor
05 1月 2011 17:47 #180 by LongZhu
short ORF 抽出方法を教えてくれませんか？ was created by LongZhu
ゲノム配列から長さ300bp以下のORFを抽出したいですが、何方が教えてくれませんか？
宜しくお願いします。

Please ログイン to join the conversation.

  • akr
  • Topic Author
  • Visitor
  • Visitor
05 1月 2011 18:43 #181 by akr
Replied by akr on topic Short ORFのみを新規に同定する方法です。
新規に300bp以下のORFを抽出する方法は以下のの通りです。
  1. "Option Setting" --> "Feature Setting" --> "Genome Analysis" Tabを選択します。
  2. Genome Analysisのオプション設定ダイアログが表示されます。
  3. ORF Extraction Settingフィールドで、Short ORFに300を入力します。Long ORFとMiddle ORFにはそれより大きい塩基数をセット（例えば、Long ORF=1500, Middle ORF=600など）します。
  4. Applyボタンをクリックし、設定を確定します。
  5. "Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."を選択します。
  6. "Range Setting" ダイアログが表示されます。
  7. ここで、同一領域により長いORFが存在する場合は、最長のORFのみを抽出対象に設定するため、"Only longest ORFs are extracted in case of overlapping ORFs" にチェックします。
  8. "Set"ボタンをクリックします。確認メッセージにOKをクリックします。
  9. ORF抽出結果ウィンドウが表示されます。
  10. "Short" をチェックします。
  11. 右側のリストに300bp以下のORFが表示されます。

Please ログイン to join the conversation.

  • akr
  • Topic Author
  • Visitor
  • Visitor
05 1月 2011 18:49 #182 by akr
Replied by akr on topic すでに長いORFが抽出されている場合は以下の方法です。
  1. "Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."選択までは「新規抽出」と同じです。
  2. "Range Setting"ダイアログで、"Intergenic Region"にチェックし、Upstream basesとDownstream basesに適当な塩基数を設定し、"Set"ボタンをクリックします。
  3. するとすでに存在する長いORFの間の領域だけからShort ORFを抽出します。

Please ログイン to join the conversation.

  • LongZhu
  • Topic Author
  • Visitor
  • Visitor
05 1月 2011 20:14 #183 by LongZhu
Replied by LongZhu on topic Re: Short ORFのみを新規に同定する方法です。
ありがとうございます。以外と簡単でした。

Please ログイン to join the conversation.

Time to create page: 0.079 seconds
Powered by Kunena Forum

ホームメニュー　(insilicobiology.co.jp に移動します）

サイト内ポピュラータグ
制限酵素 4 ライセンス 4 Windows 4 trouble 5 Stop 3 SNP 6 Scroll 4 Qualifier 10 navigation 4 Mutation 5 Local Genome Rearrangement Map 6 Linear Map 9 License 5 Lane 9 Join 3 Genome Map 4 Genome Design 7 Gene Cluster Alignment 8 Frame 6 Feature Map 6 Feature Layout Style 5 feature key 5 Feature 6 download 4 Dongle 4 Description Window 4 Database 4 Codon 4 BLAST 11 Activation 4

自社広告（当サイトから離れません）

ISB Year 2019 Campaign

最新更新記事

バグ・トラブル報告

検索スマート