short ORF 抽出方法を教えてくれませんか？

06 1月 2011 02:47 #180 : LongZhu

short ORF 抽出方法を教えてくれませんか？ \ 作成者LongZhu

ゲノム配列から長さ300bp以下のORFを抽出したいですが、何方が教えてくれませんか？
宜しくお願いします。

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06 1月 2011 03:43 #181 : akr

Short ORFのみを新規に同定する方法です。への返信 by akr

新規に300bp以下のORFを抽出する方法は以下のの通りです。

"Option Setting" --> "Feature Setting" --> "Genome Analysis" Tabを選択します。
Genome Analysisのオプション設定ダイアログが表示されます。
ORF Extraction Settingフィールドで、Short ORFに300を入力します。Long ORFとMiddle ORFにはそれより大きい塩基数をセット（例えば、Long ORF=1500, Middle ORF=600など）します。
Applyボタンをクリックし、設定を確定します。
"Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."を選択します。
"Range Setting" ダイアログが表示されます。
ここで、同一領域により長いORFが存在する場合は、最長のORFのみを抽出対象に設定するため、"Only longest ORFs are extracted in case of overlapping ORFs" にチェックします。
"Set"ボタンをクリックします。確認メッセージにOKをクリックします。
ORF抽出結果ウィンドウが表示されます。
"Short" をチェックします。
右側のリストに300bp以下のORFが表示されます。

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06 1月 2011 03:49 #182 : akr

すでに長いORFが抽出されている場合は以下の方法です。への返信 by akr

"Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."選択までは「新規抽出」と同じです。
"Range Setting"ダイアログで、"Intergenic Region"にチェックし、Upstream basesとDownstream basesに適当な塩基数を設定し、"Set"ボタンをクリックします。
するとすでに存在する長いORFの間の領域だけからShort ORFを抽出します。

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06 1月 2011 05:14 #183 : LongZhu

Re: Short ORFのみを新規に同定する方法です。への返信 by LongZhu

ありがとうございます。以外と簡単でした。

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