Export Feature機能を使って、CSVファイルを書く出す際に、[/blast=]項目を消す用法がありますか?
- LongZhu
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20 4月 2011 21:11 #219
by LongZhu
Export Feature機能を使って、CSVファイルを書く出す際に、[/blast=]項目を消す用法がありますか? was created by LongZhu
Export Feature機能を使って、CSVファイルを書く出す際に、[/blast=]項目を消す用法がありますか?
imc_geで自動アノテーションを行なった後、書き出したフィルに、[/blast=]の内容が多すぎて、困っています。[/blast=]項目を消す用法を教えてくれませんか。
宜しくお願いします。
imc_geで自動アノテーションを行なった後、書き出したフィルに、[/blast=]の内容が多すぎて、困っています。[/blast=]項目を消す用法を教えてくれませんか。
宜しくお願いします。
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- akr
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29 4月 2011 00:01 #220
by akr
Replied by akr on topic Screening = Feature/Qualifier Filtering機能を使用します
まず、Screening機能(Feature/Qualifier Filtering機能)を使用します。この機能を使用すると、任意のQualifierをすべて取り除いたGenBank/EMBL形式ファイルを作成できます。/blast=をすべてファイルから削除する場合は、/blast= Qualifierを指定して、この機能を実行します。
こうして、blast qualifierを取り除き、再度このファイルをロードしてから、CSVファイル出力を行います。
操作手順:
Screeningを設定し、通常のファイル上書き機能を使用しても、この機能は有効となりません。ファイルを別名で保存する場合にのみ有効となります。これは、誤って必要なFeatureやQualifierを削除してしまうことを防ぐためです。
こうして、blast qualifierを取り除き、再度このファイルをロードしてから、CSVファイル出力を行います。
操作手順:
- メニューからOption Setting --> Option Setting --> Screeningタブパネルを開きます。
- このパネルは、上段がFeatureのフィルタリング用、下段がQualifierのフィルタリング用となっています。
- 下段の「Check Qualifier(s) to be excluded from the output file」欄の「blast」欄にチェックします。
- 同時に複数種類のQualifierを指定することも可能です。
- Applyボタンをクリックします。
- /blast=を取り除くファイルをフィーチャーマップにロードします。
- メニューからFile --> Save as...を選択します。
- 別名で保存するためのダイアログが表示されます。
- Screen Qualifier(s)のチェックボックスにチェックします。
- 保存するディレクトリとファイル名を指定して、Saveボタンをクリックします。
- こうして保存されるファイルからは/blast=というQualifierがすべて削除されています。
- このファイルを再度ロードします。
- CSVファイル出力します。
Screeningを設定し、通常のファイル上書き機能を使用しても、この機能は有効となりません。ファイルを別名で保存する場合にのみ有効となります。これは、誤って必要なFeatureやQualifierを削除してしまうことを防ぐためです。
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- LongZhu
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10 5月 2011 18:18 #221
by LongZhu
Replied by LongZhu on topic Re: Screening = Feature/Qualifier Filtering機能を使用します
akr様、
ご丁寧な説明を頂き、ありがとうございました。
今後とも何卒宜しくお願い申し上げます。
サイ。
ご丁寧な説明を頂き、ありがとうございました。
今後とも何卒宜しくお願い申し上げます。
サイ。
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