IMC: GenBankオリジナルファイルのワードラップが変更されてしまう
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13 10月 2010 18:52 #344
by akr
IMC: GenBankオリジナルファイルのワードラップが変更されてしまう was created by akr
オリジナルGenBankファイルに記述されていたWord WrapがIMCに読み込むと変更されてしまうケースがあります。
たとえば、以下のようなケースです。
オリジナル:
(空白20文字)/product="predicted nicotinamide mononucleotide
(空白20文字)transporter"
IMC編集後:
(空白20文字)/product="predicted nicotinamide mononuuleotidetransporter
(空白20文字)"
「2010/10/8 民間企業Aさんからの指摘」を代理投稿しました(フォーラム管理者)
たとえば、以下のようなケースです。
オリジナル:
(空白20文字)/product="predicted nicotinamide mononucleotide
(空白20文字)transporter"
IMC編集後:
(空白20文字)/product="predicted nicotinamide mononuuleotidetransporter
(空白20文字)"
「2010/10/8 民間企業Aさんからの指摘」を代理投稿しました(フォーラム管理者)
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20 10月 2010 23:03 #345
by akr
Replied by akr on topic IMCの内部フォーマットでは、改行を削除し注釈を1行にして保持しているため発生する現象です。
これは、IMCの内部では改行を削除し、1つのqualifierの注釈を1行にして保持しているため発生する現象です。
至急、対応策を検討します。
IMC Developer
至急、対応策を検討します。
IMC Developer
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12 11月 2010 23:18 #346
by akr
Replied by akr on topic 特殊文字列「\zx]
IMC Version 4.2.6 において以下の方法で対処しました。
IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。
IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。
IMC Developer
IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。
IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。
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12 11月 2010 23:19 #347
by akr
Replied by akr on topic IMC内部では特殊文字列「\zx」に改行コードを置換え、ファイル出力の際に元の改行コードに戻します。
IMC Version 4.2.4 において以下の方法で対処しました。
IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。
IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。
IMC Developer
IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。
IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。
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04 1月 2011 01:19 #348
by akr
Replied by akr on topic IMC内部でも改行コードをそのまま保持するようになりました。
IMC Version 4.2.13からはIMC内部でも改行コードをそのまま保持するように改良しました。
IMC Developer
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- akr
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21 1月 2011 02:23 #349
by akr
Replied by akr on topic Description WindowおよびAnnotation Windowの表示が変わりました。
内部改行コード保持されるようになったため、Description WindowおよびAnnotation WindowにおけるQualifer行はすべてText Areaとなり、改行を含む複数行表示となりました。
IMC Version 4.2.13から
IMC Version 4.2.13から
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