CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る
- YShiwa
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24 1月 2012 23:53 #456
by YShiwa
CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る was created by YShiwa
配列だけのGenbankファイルを開き、CSVをImportするとOut of memoryエラーが発生します。
CSVファイルは5000行程度で、ファイルサイズも400KB程度です。
セキュリティの関係上、このファイルを送って検証して頂くことができないのですが、
何が原因として考えられるでしょうか?
CSVファイルは5000行程度で、ファイルサイズも400KB程度です。
セキュリティの関係上、このファイルを送って検証して頂くことができないのですが、
何が原因として考えられるでしょうか?
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- akr
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26 1月 2012 22:53 #457
by akr
Replied by akr on topic Re: CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る
GenBankファイルには配列以外に定義行などいくつかの必須行が必要です。
「配列だけ」のGenBankファイルとはどのようなファイルでしょうか?
「配列だけ」のGenBankファイルとはどのようなファイルでしょうか?
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- YShiwa
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26 1月 2012 23:34 #458
by YShiwa
Replied by YShiwa on topic Re: CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る
IMCでFastaファイルを開き、SaveでGenbank形式で保存した、Featureがないファイルのことです。
なので定義行はあります。
なので定義行はあります。
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- akr
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27 1月 2012 21:26 #459
by akr
Replied by akr on topic Re: CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る
おそらく、そのCSVファイルのどこかの行が解析できず、変なループに入ってしまったものと思われます。
データは機密ということなので、そのCSVファイルを半分に切断して、落ちる方をさらに半分にするという
バイナリーサーチの方法で、その原因となる箇所を同定します。
また、コマンドプロンプトあるいはターミナルからコマンドラインでIMCを実行すると、より詳しいエラー
メッセージが得られる場合があります。
IMCのトラブル時起動方法は こちら です。
データは機密ということなので、そのCSVファイルを半分に切断して、落ちる方をさらに半分にするという
バイナリーサーチの方法で、その原因となる箇所を同定します。
また、コマンドプロンプトあるいはターミナルからコマンドラインでIMCを実行すると、より詳しいエラー
メッセージが得られる場合があります。
IMCのトラブル時起動方法は こちら です。
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