Primerを手入力してPCRすると、実際のPrimingサイトではない非常に多数のPサイトがリスト表示されます。

Primer配列を手入力して、PCRしましたが、対象の塩基配列長に比べて、非常に多数のPrimingサイトがリストされます。実際にそれらのサイトを見ると、正しいPrimingサイトではありません。

IMCの場合は、Primer配列における小文字はフランキング配列とみなしてしまいます。Primer配列を全部小文字にすると全サイトにPrimingしてしまうことになります。
全部大文字に変換すると正しくプライミングすると思います。