ようやくbatch primer designを理解することができました.
それをふまえて,おねがいなのですが,全ORFについて一つ一つprimerをデザインすることが大変なので,
1. 最も良いprimer pairを一括してcsvに書き出して,primerの注文を可能にできないでしょうか?これができると全ORFを用いたcDNAアレイをつくるためのprimer注文,PCRが楽になります.または現在の384サンプル可能なrealtime PCRで全ORFの発現解析が楽になります.候補がない箇所については条件を甘くすれば良いと思うので,その旨を知らせるエラーがでてくれるとありがたいです.
2. ゲノム全体をoverlapするプライマーのデザインをいっかつしてできるようにできたないでしょうか?ゲノムのミスアセンブルの箇所の検出や,Whole genomic scanning PCRが可能になります.genofragというソフトがありますが,ゲノムのどこにハイブリするのか読み込みが現状では手間なので.
「2010/08/30 TI大学Mさんからの要望」代理投稿しました。-Form Administrator-