回答が遅れて申し訳ありません。
現在のVersionではFeatureを一括して別のFeature Keyに変更する機能はあります。
1. 変更対象のFeature Keyを持つFeatureのみを表示して、ゲノム全領域を選択します。
2. マウス右クリックで表示されるメニューからChange Feature...を選択します。
3. 変更先Feature Keyを指定して、実行すると全可視Feature が変更先Feature Keyになります。
4. この時、元のFeatureのQualifierのうち変更先のFeature Keyで認められていないQualifierは持ち越されません。
5. 元のFeature Keyはなくなります。
FeatureをCSV出力して、Feature Keyを変更し、それをインポートする方法でも可能ですが、
やはりQualifierは変更先に規定に縛られます。
コピー機能は今後の追加機能として開発スケジュールに載せます。
しかし、すべてのQualifierを持ち越す件は、規約から外れるため、検討中です。