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InterProScanの結果をインポートしたい

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14 3月 2012 20:54 #59 by YShiwa
コマンドラインでInterProScanを実行した以下のようなファイルがあります。
このファイルの情報をGenkbankファイルにインポートする機能が欲しいです。

1カラム目のa6_0004はlocus_tagなので、これで紐付けできないでしょうか。
4カラム目のsuperfamilyの部分がアノテーションの種類なので以下のように
/note="superfamily: SSF51726; UROD/MetE-like"
とインポートする機能が欲しいです。

a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 superfamily SSF51726 UROD/MetE-like 1 275 1e-71 T 10- 2月-2012 NULL NULL
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 HMMPfam PF08267 Meth_synt_1 2 274 7.1e-96 T 10- 2月-2012 IPR013215 Cobalamin (vitamin B12)-independent methionine synthase MetE, N-terminal Molecular Function: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity (GO:0003871), Molecular Function: zinc ion binding (GO:0008270), Biological Process: cellular amino acid biosynthetic process (GO:0008652)
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 Seg seg seg 22 34 NA ? 10- 2月-2012 NULL NULL
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 Gene3D G3DSA:3.20.20.210 no description 1 274 3.1e-92 T 10- 2月-2012 NULL NULL
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 Coil coil coiled-coil 24 52 NA ? 10- 2月-2012 NULL NULL

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01 4月 2012 19:34 #60 by akr
今後の追加機能として開発計画に登録します。

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  • akr
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08 5月 2012 17:58 #61 by akr
2012年4月24日リリースのIMC Version 5.1.2にこの機能を実装しました。
メニューからFile --> Import InterProScan File...で実行します。

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