GT: コンティグ結合機能

akr
トピック作成者
訪問者

19 10月 2010 08:33 #548 : akr

GT: コンティグ結合機能 \ 作成者akr

一つ導入して欲しい機能に、コンティグの末端部分のORFを相同性から予測して、その情報を元に結合できる可能性があるコンティグを並べるとう機能です。ギャップを挟んでいて実際にオーバーラップせずに物理的に並べる事が出来ない配列でも、同じORFの前半と後半、あるいはオペロン構造の前と後ろにでも引っかかっていれば、そこがつながっている可能性が高いと判断できます。

「2010/10/2 N大学Ｉさんからの要望」代理投稿しました。-Forum Administrator-

ログインは対話に参加してください。

akr
トピック作成者
訪問者

19 10月 2010 08:34 #549 : akr

既知アミノ酸配列マッピングでの対処への返信 by akr

記は、DeNovo遺伝子予測でやるより、既知アミノ酸配列マッピング機能を
応用するほうが簡単にできそうです。
１本の完全長アミノ酸配列が２つのコンティグの両端にマッピングされればよいので。。。。。

GT開発者

ログインは対話に参加してください。

ページ作成時間: 0.095 秒

Powered by Kunena フォーラム