GT: コンティグ結合機能

一つ導入して欲しい機能に、コンティグの末端部分のORFを相同性から予測して、その情報を元に結合できる可能性があるコンティグを並べるとう機能です。ギャップを挟んでいて実際にオーバーラップせずに物理的に並べる事が出来ない配列でも、同じORFの前半と後半、あるいはオペロン構造の前と後ろにでも引っかかっていれば、そこがつながっている可能性が高いと判断できます。

「2010/10/2 N大学Ｉさんからの要望」代理投稿しました。-Forum Administrator-

記は、DeNovo遺伝子予測でやるより、既知アミノ酸配列マッピング機能を
応用するほうが簡単にできそうです。
１本の完全長アミノ酸配列が２つのコンティグの両端にマッピングされればよいので。。。。。

GT開発者